CFM-ID: a web server for annotation, spectrum prediction and metabolite identification from tandem mass spectra.
CFM-ID: a web server for annotation, spectrum prediction and metabolite identification from tandem mass spectra.
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DOI：
10.1093/nar/gku436
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wishart D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Allen F;Pon A;Wilson M;Greiner R;Wishart D
CFM-ID是一个web服务器，支持与串联质谱（MS/MS）解释相关的三项任务，用于自动鉴定代谢物：标注已知化学结构的光谱峰；预测给定化学结构的光谱和假定的代谢物鉴定-预测目标光谱的可能候选结构的排名。用于这些任务的算法基于竞争碎片建模（CFM），这是一种最近引入的MS/MS碎片过程的概率生成模型，该模型使用机器学习技术从数据中学习其参数。这些算法已经在多个数据集上进行了广泛的测试，并被证明优于现有的方法，如MetFrag和FingerId。这个web服务器为使用这些算法提供了一个简单的界面，并提供了结果注释、光谱和结构的图形显示。CFM-ID可在http://cfmid.wishartlab.com免费获得。
CFM-ID is a web server supporting three tasks associated with the interpretation of tandem mass spectra (MS/MS) for the purpose of automated metabolite identification: annotation of the peaks in a spectrum for a known chemical structure; prediction of spectra for a given chemical structure and putative metabolite identification—a predicted ranking of possible candidate structures for a target spectrum. The algorithms used for these tasks are based on Competitive Fragmentation Modeling (CFM), a recently introduced probabilistic generative model for the MS/MS fragmentation process that uses machine learning techniques to learn its parameters from data. These algorithms have been extensively tested on multiple datasets and have been shown to out-perform existing methods such as MetFrag and FingerId. This web server provides a simple interface for using these algorithms and a graphical display of the resulting annotations, spectra and structures. CFM-ID is made freely available at http://cfmid.wishartlab.com.
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