Robustness of Phylogenetic Inference to Model Misspecification Caused by Pairwise Epistasis.
Robustness of Phylogenetic Inference to Model Misspecification Caused by Pairwise Epistasis.
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系统发育推断对成对上位性引起的模型错误指定的稳健性。
DOI：
10.1093/molbev/msab163
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发表时间：
2021-09-27
影响因子：
10.7
通讯作者：
DeWitt WS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Magee AF;Hilton SK;DeWitt WS
基于似然的系统发育推断假设了沿系统发育树分支的特征状态变化的概率模型。这些模型通常假定序列比对中位点的统计独立性。这是一个限制性的假设，有利于计算的可追溯性，但忽略了上位性，即遗传背景对突变效应的影响，如何影响功能序列的进化。我们考虑在双位点上位的情况下，使用错误指定的位点独立模型对贝叶斯系统发育推断的准确性的影响。先前的研究表明，随着对准长度的增加，树的重建精度也会增加。在这里，我们提出了一个模拟研究，表明即使额外的位点是上位耦合的，精度也会随着对齐尺寸的增加而增加。我们介绍了一个基于对齐的检验统计量，这是对两两上位的诊断，可用于后验预测检查。
Likelihood-based phylogenetic inference posits a probabilistic model of character state change along branches of a phylogenetic tree. These models typically assume statistical independence of sites in the sequence alignment. This is a restrictive assumption that facilitates computational tractability, but ignores how epistasis, the effect of genetic background on mutational effects, influences the evolution of functional sequences. We consider the effect of using a misspecified site-independent model on the accuracy of Bayesian phylogenetic inference in the setting of pairwise-site epistasis. Previous work has shown that as alignment length increases, tree reconstruction accuracy also increases. Here, we present a simulation study demonstrating that accuracy increases with alignment size even if the additional sites are epistatically coupled. We introduce an alignment-based test statistic that is a diagnostic for pairwise epistasis and can be used in posterior predictive checks.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts396
发表时间：
2012-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cohen O;Ashkenazy H;Burstein D;Pupko T
通讯作者：
Pupko T
影响因子：
10.7
作者：
Golden, Michael;Murrell, Benjamin;Hein, Jotun
通讯作者：
Hein, Jotun
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
DOI：
10.1073/pnas.1813836116
发表时间：
2019-03-12
影响因子：
11.1
作者：
Meyer, Xavier;Dib, Linda;Salamin, Nicolas
通讯作者：
Salamin, Nicolas
影响因子：
2.4
作者：
Brooks, SP;Gelman, A
通讯作者：
Gelman, A