ViennaRNA Package 2.0.
ViennaRNA Package 2.0.
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DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
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发表时间：
2011-11-24
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hofacker IL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
二级结构形成了描述核酸的一个重要的中间水平，它包裹了折叠能量的主要部分，在进化中通常是很保守的，经常被用作解释实验结果的基础。基于仔细测量的热力学参数，可以使用精确的动态规划算法来计算基态、碱基配对概率以及热力学性质。ViennaRNA包是近二十年来广泛使用的与RNA二级结构相关的计算机程序的汇编。标准能源模型的结构、Turner 2004参数的重大变化、多核CPU的普遍使用以及越来越多的算法变体促使对基础RNAlib和交互式用户程序进行重大技术检修。新功能包括评估RNA-RNA相互作用和限制性结构集合的扩展工具库，附加输出信息，如质心结构和从碱基配对概率得出的最大预期精度结构，或局部稳定的二级结构的z分数，以及支持FASTA格式的输入。更新的实施不会影响核心算法的计算效率，也不会确保与早期版本的兼容性。ViennaRNAPackage2.0支持通过OpenMP进行并发计算，可以从http://www.tbi.univie.ac.at/RNA.下载
Secondary structure forms an important intermediate level of description of nucleic acids that encapsulates the dominating part of the folding energy, is often well conserved in evolution, and is routinely used as a basis to explain experimental findings. Based on carefully measured thermodynamic parameters, exact dynamic programming algorithms can be used to compute ground states, base pairing probabilities, as well as thermodynamic properties. The ViennaRNA Package has been a widely used compilation of RNA secondary structure related computer programs for nearly two decades. Major changes in the structure of the standard energy model, the Turner 2004 parameters, the pervasive use of multi-core CPUs, and an increasing number of algorithmic variants prompted a major technical overhaul of both the underlying RNAlib and the interactive user programs. New features include an expanded repertoire of tools to assess RNA-RNA interactions and restricted ensembles of structures, additional output information such as centroid structures and maximum expected accuracy structures derived from base pairing probabilities, or z-scores for locally stable secondary structures, and support for input in fasta format. Updates were implemented without compromising the computational efficiency of the core algorithms and ensuring compatibility with earlier versions. The ViennaRNA Package 2.0, supporting concurrent computations via OpenMP, can be downloaded from http://www.tbi.univie.ac.at/RNA.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Andronescu, M;Aguirre-Hernández, R;Hoos, HH
通讯作者：
Hoos, HH
影响因子：
5.8
作者：
Busch, Anke;Backofen, Rolf
通讯作者：
Backofen, Rolf
影响因子：
5.8
作者：
Andronescu, Mirela;Condon, Anne;Murphy, Kevin P.
通讯作者：
Murphy, Kevin P.
影响因子：
1.7
作者：
Fekete, M;Hofacker, IL;Stadler, PF
通讯作者：
Stadler, PF