Logic-Based Steady-State Analysis and Revision of Metabolic Networks with Inhibition
Logic-Based Steady-State Analysis and Revision of Metabolic Networks with Inhibition
复制标题
基于逻辑的稳态分析和抑制代谢网络的修正
DOI：
10.1109/cisis.2010.184
复制
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ray O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ray O
本文提出了一种基于定性逻辑的抑制代谢网络稳态分析和修正方法。该方法能够自动修改初始代谢模型-通过添加和删除整个反应或单个底物，产物和抑制剂-以确保存在与一组实验观察一致的稳态行为。我们展示了如何在非单调逻辑编程环境中实现这一点，并讨论了在底层网络中发生代谢循环或相互抑制时所面临的挑战。
This paper presents a qualitative logic-based method for the steady-state analysis and revision of metabolic networks with inhibition. The approach is able to automatically revise an initial metabolic model - through the addition and removal of whole reactions or individual substrates, products and inhibitors - in order to ensure the existence of a steady-state behaviour consistent with a set of experimental observations. We show how this can be done in a nonmonotonic logic programming setting and discuss the challenges that arise when metabolic cycles or mutual inhibitions occur in the underlying network.
登录
查看更多内容
使用基于 SAT 的方法分析路径
影响因子：
3
作者：
A. Tiwari;C. Talcott;M. Knapp;P. Lincoln;K. Laderoute
通讯作者：
K. Laderoute
用于建模和修改代谢网络的非单调逻辑方法
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
Computational Intelligence in Security for Information Systems
影响因子：
--
作者：
O. Ray;Ken E. Whelan;R. King
通讯作者：
R. King
通过答案集编程扩展代谢网络
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
International Conference on Logic Programming
影响因子：
--
作者：
Torsten Schaub;S. Thiele
通讯作者：
S. Thiele
代谢网络抑制逻辑建模的合理方法
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
2009 International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops
影响因子：
--
作者：
O. Ray
通讯作者：
O. Ray
使用 CF-Induction 在生物推理中整合溯因和归纳
DOI：
--
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
作者：
Yoshitaka Yamamoto;Katsumi Inoue;A. Doncescu
通讯作者：
A. Doncescu