A Suite of New Strain Construction Vectors for Gene Expression Knockdown in Budding Yeast.
A Suite of New Strain Construction Vectors for Gene Expression Knockdown in Budding Yeast.
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DOI：
10.1021/acssynbio.2c00547
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发表时间：
2023-02-17
影响因子：
4.7
通讯作者：
Mitra, Robi D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shively, Christian A.;Dong, Fengping;Mitra, Robi D.
许多基因表达敲除的工具已经在模式生物酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中开发和表征，并扩展到促进多细胞模型中的研究。为了比较评估这些方法的有效性，我们系统地应用了七个这样的出版组成型和诱导型敲除策略的一个面板的编码核定位蛋白的必需基因。在这项工作中，我们创建了CEAS（C-SWAT for Essential Allele Strains）集合，这是一套标签载体，用于提高实用性和简化菌株构建。特别值得注意的是，我们通过利用C-SWAT系统和CRISPR/Cas9编辑，采用了以前仅在哺乳动物组织培养中可用的改进的生长素诱导降解决定子（AID）蛋白降解策略，用于芽殖酵母中的一步菌株构建。两者合计，这项工作提出了一个工具箱内源基因表达敲除，并允许我们提出建议的有效性和适用性，这些工具的干扰必需基因。
Numerous tools for gene expression knockdown have been developed and characterized in the model organism Saccharomyces cerevisiae and extended to facilitate studies in multi-cellular models. To comparatively evaluate the efficacy of these approaches, we systematically applied seven such published constitutive and inducible knockdown strategies to a panel of essential genes encoding nuclear-localized proteins. In this effort, we created the CEAS (C-SWAT for Essential Allele Strains) collection, a suite of tagging vectors for improved utility and ease of strain construction. Of particular note, we adapted an improved auxin inducible degron (AID) protein degradation strategy previously available only in mammalian tissue culture for one-step strain construction in budding yeast by leveraging both the C-SWAT system and CRISPR/Cas9 editing. Taken together, this work presents a toolbox for endogenous gene expression knockdown and allows us to make recommendations on the efficacy and applicability of these tools for the perturbation of essential genes.
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影响因子：
14.9
作者：
Dubreuil B;Sass E;Nadav Y;Heidenreich M;Georgeson JM;Weill U;Duan Y;Meurer M;Schuldiner M;Knop M;Levy ED
通讯作者：
Levy ED
影响因子：
64.5
作者：
Mnaimneh, S;Davierwala, AP;Hughes, TR
通讯作者：
Hughes, TR
影响因子：
11.4
作者：
Gilon, T;Chomsky, O;Kulka, RG
通讯作者：
Kulka, RG
影响因子：
7
作者：
Wang, Haoyi;Mayhew, David;Mitra, Robi David
通讯作者：
Mitra, Robi David
酵母基本基因的序列序列温度敏感等位基因的更新集合。
DOI：
10.1534/g3.115.019174
发表时间：
2015-07-14
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Kofoed M;Milbury KL;Chiang JH;Sinha S;Ben-Aroya S;Giaever G;Nislow C;Hieter P;Stirling PC
通讯作者：
Stirling PC