A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction.
A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction.
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DOI：
10.1038/nprot.2009.203
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发表时间：
2010-01
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
网络重建是系统生物学的一个共同点。自下而上的代谢网络重建在过去10年中得到了发展。这些重建代表了结构化的知识基础，这些知识基础抽象了特定目标生物体内发生的生化转化的相关信息。将重建转换为数学格式有助于无数的计算生物学研究，包括网络内容的评估、假设检验和生成、表型特征的分析和代谢工程。迄今为止，已经发表了30多种生物体的基因组规模的代谢重建，预计这一数字将迅速增加。然而，这些重建在质量和覆盖范围上有所不同，这可能会最大限度地降低其预测潜力并用作知识基础。在这里，我们提出了一个全面的协议，描述了建立高质量的基因组规模的代谢重建以及常见的考验和磨难所必需的每一步。因此，该协议为重建过程的所有阶段提供了有用的手册。
Network reconstructions are a common denominator in systems biology. Bottom-up metabolic network reconstructions have developed over the past 10 years. These reconstructions represent structured knowledge-bases that abstract pertinent information on the biochemical transformations taking place within specific target organisms. The conversion of a reconstruction into a mathematical format facilitates myriad computational biological studies including evaluation of network content, hypothesis testing and generation, analysis of phenotypic characteristics, and metabolic engineering. To date, genome-scale metabolic reconstructions for more than 30 organisms have been published and this number is expected to increase rapidly. However, these reconstructions differ in quality and coverage that may minimize their predictive potential and use as knowledge-bases. Here, we present a comprehensive protocol describing each step necessary to build a high-quality genome-scale metabolic reconstruction as well as common trials and tribulations. Therefore, this protocol provides a helpful manual for all stages of the reconstruction process.
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DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.2
作者：
GUTNICK, D;CALVO, JM;AMES, BN
通讯作者：
AMES, BN
影响因子：
14.8
作者：
Becker, Scott A.;Feist, Adam M.;Herrgard, Markus J.
通讯作者：
Herrgard, Markus J.
影响因子：
14.9
作者：
Boneca, IG;de Reuse, H;Moszer, I
通讯作者：
Moszer, I
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
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