Reconstruction of biochemical networks in microorganisms.
Reconstruction of biochemical networks in microorganisms.
复制标题
微生物生化网络的重建。
DOI：
10.1038/nrmicro1949
复制
发表时间：
2009-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
微生物代谢和生长功能的系统分析正在迅速发展和成熟。通过在基因组尺度上重建构成细胞过程基础的生化反应网络，使得此类研究成为可能。网络重建过程是针对特定生物体的，并且基于带注释的基因组序列、高通量的全网络数据集以及关于单个网络组分详细特性的文献组学数据。这篇综述描述了目前为实现全面网络重建所实施的过程细节，以及它们是如何被整理和验证的。基因组尺度代谢网络的重建过程已经很完善，而基因组尺度转录调控以及转录/翻译过程的重建过程目前正在发展中。这篇综述应该会加速越来越多针对特定目标生物体进行重建的研究人员的研究进展。
Systems analysis of metabolic and growth functions in microbial organisms is rapidly developing and maturing. Such studies are enabled by the reconstruction, at the genomic-scale, of the biochemical reaction networks that underlie cellular processes. The network reconstruction process is organism-specific and is based on an annotated genome sequence, high-throughput network-wide data sets, and bibliomic data on the detailed properties of individual network components. This review describes the details of the process that is currently implemented to achieve comprehensive network reconstructions and how they are curated and validated. The reconstruction process for genome-scale metabolic networks is well developed, while the process for the reconstruction of transcriptional regulation and for transcriptional / translational processes at the genome-scale is now developing. This review should accelerate the progress of the growing number of researchers that are carrying out reconstructions for particular target organisms.
登录
查看更多内容
影响因子：
30.8
作者：
Buck, Michael J.;Lieb, Jason D.
通讯作者：
Lieb, Jason D.
影响因子：
3
作者：
DeJongh M;Formsma K;Boillot P;Gould J;Rycenga M;Best A
通讯作者：
Best A
影响因子：
3
作者：
Arakawa, K;Yamada, Y;Tomita, M
通讯作者：
Tomita, M
影响因子：
14.8
作者：
Becker, Scott A.;Feist, Adam M.;Herrgard, Markus J.
通讯作者：
Herrgard, Markus J.
影响因子：
14.9
作者：
Christie, KR;Weng, S;Cherry, JM
通讯作者：
Cherry, JM