High-Resolution Mass Spectrometry for In Vivo Proteome Dynamics using Heavy Water Metabolic Labeling.
High-Resolution Mass Spectrometry for In Vivo Proteome Dynamics using Heavy Water Metabolic Labeling.
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DOI：
10.3390/ijms21217821
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发表时间：
2020-10-22
影响因子：
5.6
通讯作者：
Sadygov RG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sadygov RG
细胞蛋白质不断降解和合成。蛋白质的周转是许多细胞功能所必需的。结合使用稳定同位素的代谢标记，LC-MS可以高通量和大规模地估计蛋白质组动力学。现代质谱仪允许一系列仪器设置来优化特定研究目标的实验输出。影响动态蛋白质组研究结果的一个这样的设置是质量分辨率。这一分辨率对于区分目标物种和具有接近质量/电荷比的共洗脱污染物至关重要。然而，对于从稳定同位素代谢标记的蛋白质组动力学的估计，光谱的准确性是非常重要的。关于提高质量分辨率(在现代质谱仪中)对蛋白质组周转、产量和精确度的影响的研究一直缺乏。在这里，我们使用公开可用的重水标记和小鼠血清蛋白质组的质谱数据集(通过Orbitrap Fusion和Agilent 6530 QToF获得)来分析Orbitrap质谱仪的质量分辨率对蛋白质组动力学估计的影响。质量分辨率的提高影响了光谱的精确度和获得的串联质谱数。
Cellular proteins are continuously degraded and synthesized. The turnover of proteins is essential to many cellular functions. Combined with metabolic labeling using stable isotopes, LC–MS estimates proteome dynamics in high-throughput and on a large scale. Modern mass spectrometers allow a range of instrumental settings to optimize experimental output for specific research goals. One such setting which affects the results for dynamic proteome studies is the mass resolution. The resolution is vital for distinguishing target species from co-eluting contaminants with close mass-to-charge ratios. However, for estimations of proteome dynamics from metabolic labeling with stable isotopes, the spectral accuracy is highly important. Studies examining the effects of increased mass resolutions (in modern mass spectrometers) on the proteome turnover output and accuracy have been lacking. Here, we use a publicly available heavy water labeling and mass spectral data sets of murine serum proteome (acquired on Orbitrap Fusion and Agilent 6530 QToF) to analyze the effect of mass resolution of the Orbitrap mass analyzer on the proteome dynamics estimation. Increased mass resolution affected the spectral accuracy and the number acquired tandem mass spectra.
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DOI：
10.1007/s13361-014-0982-0
发表时间：
2014-12-01
影响因子：
3.2
作者：
Rockwood, Alan L.;Erve, John C. L.
通讯作者：
Erve, John C. L.
影响因子：
4.5
作者：
Gasier HG;Fluckey JD;Previs SF
通讯作者：
Previs SF
影响因子：
4.4
作者：
Sadygov VR;Zhang W;Sadygov RG
通讯作者：
Sadygov RG
DOI：
10.1016/j.bbagen.2005.12.023
发表时间：
2006-05-01
影响因子：
3
作者：
Busch, Robert;Kim, Yoo-Kyeong;Hellerstein, Marc K.
通讯作者：
Hellerstein, Marc K.
影响因子：
4.4
作者：
Li L;Bebek G;Previs SF;Smith JD;Sadygov RG;McCullough AJ;Willard B;Kasumov T
通讯作者：
Kasumov T