Scaffold-associated regions in the human type I interferon gene cluster on the short arm of chromosome 9.
Scaffold-associated regions in the human type I interferon gene cluster on the short arm of chromosome 9.
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人类 I 型干扰素基因簇中位于 9 号染色体短臂上的支架相关区域。
DOI：
10.1006/geno.1997.5103
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发表时间：
1998
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Olopade,OI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Strissel,PL;Dann,HA;Pomykala,HM;Diaz,MO;Rowley,JD;Olopade,OI
支架相关区（SARs）在模拟或塑造DNA染色质成环结构域的水平上起作用。我们绘制了人类I型干扰素（IFN）基因复合体在9号染色体p21-22带上的36个SARs，以检查该基因复合体的整体结构。共有29个强SARs和7个弱SARs被定位到不同干扰素基因的侧翼区域。22个强SARs定位于13个干扰素(IFNA) α基因的侧区；2个强SARs定位于干扰素ω (IFNW)基因；1个干扰素α假基因（IFNAP）的2个强SARs；3个强SARs映射到两个干扰素ω假基因（IFNWP）。一个弱SAR定位于一个ifnagene的侧翼区域，而6个弱SAR定位于四个ifnagene假基因的侧翼区域（P11, P12, P20, P23）。BV173白血病细胞系和U373胶质瘤细胞系的ifnsar结构具有可比性。对两个胶质瘤缺失断点连接点（断裂发生在ifngene簇内外）的分析揭示了与SARs的关联。IFNSARs显示了SARs之间的协同性，而DNA序列分析显示在强SARs中存在一系列聚集的a -束。这些数据表明，这些ifngenes可能被组织成一系列小的（2-10 kb） DNA环域，每个环包含一个编码区，两侧是SARs。在我们的模型中，在ifngene复合体内的SAR上观察到的SAR富集和a -束聚集代表了更高水平的染色质组织，这可能使该区域易于断裂。
Scaffold-associated regions (SARs) function at the level of modeling or shaping the chromatin of DNA into loop domains. We have mapped 36 SARs in the human type I interferon (IFN) gene complex on chromosome 9, band p21-22, to examine the overall structure of this gene complex. A total of 29 strong SARs and 7 weak SARs were mapped to the flanking regions of the different interferon genes. Twenty-two strong SARs mapped to the flanking regions of 13 interferon (IFNA) α genes; 2 strong SARs mapped to one interferon ω (IFNW) gene; 2 strong SARs mapped to one interferon α pseudogene (IFNAP); and 3 strong SARs mapped to two interferon ω pseudogenes (IFNWP). One weak SAR mapped to the flanking region of oneIFNAgene, whereas 6 weak SARs flanked fourIFNpseudogenes (P11, P12 P20, P23). TheIFNSAR structure was comparable between the BV173 leukemia cell line and the U373 glioma cell line. Analysis of two glioma deletion breakpoint junctions, where breaks occur within and outside theIFNgene cluster, revealed an association with SARs.IFNSARs showed evidence for cooperativity among the SARs, while DNA sequence analysis revealed a series of clustered A-tracts within strong SARs. These data suggest that theIFNgenes may be organized into a series of small (2–10 kb) DNA loop domains, with each loop containing a coding region flanked by SARs. In our model, the SAR enrichment and the clustering of A-tracts observed at the SARs within theIFNgene complex represent a higher level of chromatin organization, which may predispose this region to breakage.
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通讯作者：
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O. Olopade;Robert B. Jenkins;D. Ransom;Kathleen Malik;H. Pomykala;T. Nobori;Janet M. Cowan;J. Rowley;M. Diaz
影响因子：
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作者：
DIAZ, MO;POMYKALA, HM;OLOPADE, OI
通讯作者：
OLOPADE, OI
DOI：
10.1073/pnas.92.14.6489
发表时间：
1995-07-03
影响因子：
11.1
作者：
OLOPADE, OI;POMYKALA, HM;BOHLANDER, SK
通讯作者：
BOHLANDER, SK