A Roadmap for the Human Gut Cell Atlas.
A Roadmap for the Human Gut Cell Atlas.
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DOI：
10.1038/s41575-023-00784-1
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发表时间：
2023-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在过去的几年里，使用各种单细胞分析方法研究人类胃肠道的研究数量大幅增加。虽然这一增长为第一个全面的人类肠道细胞图谱（HGCA）的生成提供了独特的机会，但未来仍存在一系列重大挑战。最重要的是，最终的成功将在很大程度上取决于一种结构化和协调的方法，这种方法将许多研究小组所做的全球努力结合起来。在本路线图中，我们讨论了代表人类细胞图谱肠道生物网络生成HGCA的全面前瞻性方向。基于来自地球仪的专家的一致意见，我们通过总结现有数据集并突出显示覆盖范围有限的解剖区域和/或组织，概述了第一个完整HGCA的主要要求。我们为未来的研究提供了建议，并讨论了将健康肠道图谱与相关疾病和肠道类器官整合的关键方法和重要性。重要的是，我们批判性地概述了可用的计算工具，并提供了克服关键挑战的建议。
The number of studies investigating the human gastrointestinal tract using various single-cell profiling methods has increased substantially in the past few years. Although this increase provides a unique opportunity for the generation of the first comprehensive Human Gut Cell Atlas (HGCA), there remains a range of major challenges ahead. Above all, the ultimate success will largely depend on a structured and coordinated approach that aligns global efforts undertaken by a large number of research groups. In this Roadmap, we discuss a comprehensive forward-thinking direction for the generation of the HGCA on behalf of the Gut Biological Network of the Human Cell Atlas. Based on the consensus opinion of experts from across the globe, we outline the main requirements for the first complete HGCA by summarizing existing data sets and highlighting anatomical regions and/or tissues with limited coverage. We provide recommendations for future studies and discuss key methodologies and the importance of integrating the healthy gut atlas with related diseases and gut organoids. Importantly, we critically overview the computational tools available and provide recommendations to overcome key challenges.
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影响因子：
64.5
作者：
Chen B;Scurrah CR;McKinley ET;Simmons AJ;Ramirez-Solano MA;Zhu X;Markham NO;Heiser CN;Vega PN;Rolong A;Kim H;Sheng Q;Drewes JL;Zhou Y;Southard-Smith AN;Xu Y;Ro J;Jones AL;Revetta F;Berry LD;Niitsu H;Islam M;Pelka K;Hofree M;Chen JH;Sarkizova S;Ng K;Giannakis M;Boland GM;Aguirre AJ;Anderson AC;Rozenblatt-Rosen O;Regev A;Hacohen N;Kawasaki K;Sato T;Goettel JA;Grady WM;Zheng W;Washington MK;Cai Q;Sears CL;Goldenring JR;Franklin JL;Su T;Huh WJ;Vandekar S;Roland JT;Liu Q;Coffey RJ;Shrubsole MJ;Lau KS
通讯作者：
Lau KS
DOI：
10.1126/science.abl5197
发表时间：
2022-05-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Domínguez Conde C;Xu C;Jarvis LB;Rainbow DB;Wells SB;Gomes T;Howlett SK;Suchanek O;Polanski K;King HW;Mamanova L;Huang N;Szabo PA;Richardson L;Bolt L;Fasouli ES;Mahbubani KT;Prete M;Tuck L;Richoz N;Tuong ZK;Campos L;Mousa HS;Needham EJ;Pritchard S;Li T;Elmentaite R;Park J;Rahmani E;Chen D;Menon DK;Bayraktar OA;James LK;Meyer KB;Yosef N;Clatworthy MR;Sims PA;Farber DL;Saeb-Parsy K;Jones JL;Teichmann SA
通讯作者：
Teichmann SA
影响因子：
5.9
作者：
Andersson A;Bergenstråhle J;Asp M;Bergenstråhle L;Jurek A;Fernández Navarro J;Lundeberg J
通讯作者：
Lundeberg J
影响因子：
64.5
作者：
Beumer, Joep;Puschhof, Jens;Clevers, Hans
通讯作者：
Clevers, Hans
影响因子：
29.4
作者：
Chen E;Chuang LS;Giri M;Villaverde N;Hsu NY;Sabic K;Joshowitz S;Gettler K;Nayar S;Chai Z;Alter IL;Chasteau CC;Korie UM;Dzedzik S;Thin TH;Jain A;Moscati A;Bongers G;Duerr RH;Silverberg MS;Brant SR;Rioux JD;Peter I;Schumm LP;Haritunians T;McGovern DP;Itan Y;Cho JH
通讯作者：
Cho JH