Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans.
Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans.
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DOI：
10.1126/science.abl5197
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发表时间：
2022-05-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Teichmann SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Domínguez Conde C;Xu C;Jarvis LB;Rainbow DB;Wells SB;Gomes T;Howlett SK;Suchanek O;Polanski K;King HW;Mamanova L;Huang N;Szabo PA;Richardson L;Bolt L;Fasouli ES;Mahbubani KT;Prete M;Tuck L;Richoz N;Tuong ZK;Campos L;Mousa HS;Needham EJ;Pritchard S;Li T;Elmentaite R;Park J;Rahmani E;Chen D;Menon DK;Bayraktar OA;James LK;Meyer KB;Yosef N;Clatworthy MR;Sims PA;Farber DL;Saeb-Parsy K;Jones JL;Teichmann SA
尽管它们在健康和疾病中起着至关重要的作用，但我们对人体组织中免疫细胞的了解仍然有限。在这里，我们通过单细胞RNA测序和VDJ测序调查了来自12名成年供体的16种组织的免疫区室，生成了360，000个细胞的数据集。为了系统地解决组织间的免疫细胞异质性，我们开发了CellTypist，这是一种用于快速精确细胞类型注释的机器学习工具。使用这种方法，结合详细的策展，我们确定了精细表型免疫细胞类型的组织分布，揭示了迄今为止未被认识到的组织特异性特征和T和B细胞的克隆结构。我们的多组织方法通过利用共同的参考数据集、组织整合表达分析和抗原受体测序，为识别高分辨率免疫细胞类型奠定了基础。
Despite their crucial role in health and disease, our knowledge of immune cells within human tissues remains limited. Here, we surveyed the immune compartment of 16 tissues from 12 adult donors by single-cell RNA sequencing and VDJ sequencing generating a dataset of 360,000 cells. To systematically resolve immune cell heterogeneity across tissues, we developed CellTypist, a machine learning tool for rapid and precise cell type annotation. Using this approach, combined with detailed curation, we determined the tissue distribution of finely phenotyped immune cell types, revealing hitherto unappreciated tissue-specific features and clonal architecture of T and B cells. Our multi-tissue approach lays the foundation for identifying highly resolved immune cell types by leveraging a common reference dataset, tissue-integrated expression analysis and antigen receptor sequencing.
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影响因子：
11.8
作者：
Elmentaite R;Ross ADB;Roberts K;James KR;Ortmann D;Gomes T;Nayak K;Tuck L;Pritchard S;Bayraktar OA;Heuschkel R;Vallier L;Teichmann SA;Zilbauer M
通讯作者：
Zilbauer M
影响因子：
32.4
作者：
Gardner JM;Metzger TC;McMahon EJ;Au-Yeung BB;Krawisz AK;Lu W;Price JD;Johannes KP;Satpathy AT;Murphy KM;Tarbell KV;Weiss A;Anderson MS
通讯作者：
Anderson MS
影响因子：
64.5
作者：
Fan X;Rudensky AY
通讯作者：
Rudensky AY
DOI：
10.1084/jem.20170057
发表时间：
2018-02-05
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Bujko A;Atlasy N;Landsverk OJB;Richter L;Yaqub S;Horneland R;Øyen O;Aandahl EM;Aabakken L;Stunnenberg HG;Bækkevold ES;Jahnsen FL
通讯作者：
Jahnsen FL
DOI：
10.1126/science.1159407
发表时间：
2008-08-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gardner JM;Devoss JJ;Friedman RS;Wong DJ;Tan YX;Zhou X;Johannes KP;Su MA;Chang HY;Krummel MF;Anderson MS
通讯作者：
Anderson MS