The ClusPro web server for protein-protein docking.
The ClusPro web server for protein-protein docking.
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DOI：
10.1038/nprot.2016.169
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发表时间：
2017-03
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Vajda S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kozakov D;Hall DR;Xia B;Porter KA;Padhorny D;Yueh C;Beglov D;Vajda S
ClusPro服务器（https://cluspro.org）是一种用于蛋白质 - 蛋白质对接的工具。该服务器提供了一个简单的主页供基本使用，仅需要两个蛋白质数据库格式的文件。但是，ClusPro还提供了许多高级选项来修改搜索，其中包括去除非结构化蛋白质区域，应用吸引力或排斥，考虑成对距离限制因素，构造同性恋者，考虑小角度X射线散射（SAXS）数据并找到肝素约束位点。可以根据蛋白质的类型使用六种不同的能量功能。与每个能量参数集进行对接会导致十个模型，这些模型由低能结构的高度群集簇的中心定义。该协议描述了各种选项的使用，辅助约束文件的构建，能量参数的选择以及结果分析。尽管服务器已大量使用，但运行通常在<4小时内完成。
The ClusPro server (https://cluspro.org) is a widely used tool for protein-protein docking. The server provides a simple home page for basic use, requiring only two files in Protein Data Bank format. However, ClusPro also offers a number of advanced options to modify the search that include the removal of unstructured protein regions, applying attraction or repulsion, accounting for pairwise distance restraints, constructing homo-multimers, considering small angle X-ray scattering (SAXS) data, and finding heparin binding sites. Six different energy functions can be used depending on the type of proteins. Docking with each energy parameter set results in ten models defined by centers of highly populated clusters of low energy docked structures. This protocol describes the use of the various options, the construction of auxiliary restraints files, the selection of the energy parameters, and the analysis of the results. Although the server is heavily used, runs are generally completed in < 4 hours.
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影响因子：
30.8
作者：
Bourdon, Alice;Minai, Limor;Rotig, Agnes
通讯作者：
Rotig, Agnes
DOI：
10.1007/978-1-4939-0366-5_15
发表时间：
2014-01-01
期刊：
PROTEIN STRUCTURE PREDICTION, 3RD EDITION
影响因子：
--
作者：
Esquivel-Rodriguez, Juan;Filos-Gonzalez, Vianney;Kihara, Daisuke
通讯作者：
Kihara, Daisuke
影响因子：
5.8
作者：
Brenke, Ryan;Hall, David R.;Kozakov, Dima
通讯作者：
Kozakov, Dima
影响因子：
14.9
作者：
Comeau, SR;Gatchell, DW;Camacho, CJ
通讯作者：
Camacho, CJ
DOI：
10.1002/prot.10390
发表时间：
2003-07-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Chen, R;Mintseris, J;Weng, ZP
通讯作者：
Weng, ZP