Functional categories associated with clusters of genes that are co-expressed across the NCI-60 cancer cell lines.
Functional categories associated with clusters of genes that are co-expressed across the NCI-60 cancer cell lines.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0030317
复制
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Pommier Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zeeberg BR;Reinhold W;Snajder R;Thallinger GG;Weinstein JN;Kohn KW;Pommier Y
NCI-60是一个由60种不同的人类癌细胞株组成的小组，美国国家癌症研究所用来筛选化合物的抗癌活性。在目前的研究中，来自五个平台的基因表达水平被整合以产生单一的复合转录组图谱。该数据集的全面和可靠的性质使我们能够研究跨癌细胞系的基因共表达。等级聚类揭示了许多基因簇，在这些基因中，基因在NCI-60中共同变化。为了确定与每个簇相关的功能分类，我们使用了基因本体论(GO)联盟数据库和GoMiner工具。GO将基因映射到按层次组织的生物过程类别。GoMiner可以利用GO执行基因表达研究的本体分析，生成重要功能类别的列表。GoMiner分析揭示了许多与围棋生物过程类别的功能分组相关的共调控基因簇。值得注意的是，那些由连贯的共表达分组产生的类别反映了与癌症相关的主题，如黏附、细胞迁移、RNA剪接、免疫反应和信号转导。因此，这些簇显示了功能相关基因的转录协同调节。
The NCI-60 is a panel of 60 diverse human cancer cell lines used by the U.S. National Cancer Institute to screen compounds for anticancer activity. In the current study, gene expression levels from five platforms were integrated to yield a single composite transcriptome profile. The comprehensive and reliable nature of that dataset allows us to study gene co-expression across cancer cell lines. Hierarchical clustering revealed numerous clusters of genes in which the genes co-vary across the NCI-60. To determine functional categorization associated with each cluster, we used the Gene Ontology (GO) Consortium database and the GoMiner tool. GO maps genes to hierarchically-organized biological process categories. GoMiner can leverage GO to perform ontological analyses of gene expression studies, generating a list of significant functional categories. GoMiner analysis revealed many clusters of coregulated genes that are associated with functional groupings of GO biological process categories. Notably, those categories arising from coherent co-expression groupings reflect cancer-related themes such as adhesion, cell migration, RNA splicing, immune response and signal transduction. Thus, these clusters demonstrate transcriptional coregulation of functionally-related genes.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.4
作者：
Shankavaram UT;Varma S;Kane D;Sunshine M;Chary KK;Reinhold WC;Pommier Y;Weinstein JN
通讯作者：
Weinstein JN
影响因子：
5.7
作者：
Liu H;D'Andrade P;Fulmer-Smentek S;Lorenzi P;Kohn KW;Weinstein JN;Pommier Y;Reinhold WC
通讯作者：
Reinhold WC
影响因子：
3.7
作者：
Prieto, Carlos;Risueno, Alberto;Fontanillo, Celia;De Las Rivas, Javier
通讯作者：
De Las Rivas, Javier
影响因子：
5.8
作者：
Lai, YL;Wu, BL;Zhao, HY
通讯作者：
Zhao, HY
影响因子：
3
作者：
Zeeberg BR;Qin H;Narasimhan S;Sunshine M;Cao H;Kane DW;Reimers M;Stephens RM;Bryant D;Burt SK;Elnekave E;Hari DM;Wynn TA;Cunningham-Rundles C;Stewart DM;Nelson D;Weinstein JN
通讯作者：
Weinstein JN