Protocol for genome-wide CRISPR knockout screens of bacterial cytotoxins in HeLa cells.
Protocol for genome-wide CRISPR knockout screens of bacterial cytotoxins in HeLa cells.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101595
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发表时间：
2022-09-16
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tao, Liang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Qi;Zhou, Yao;He, Liuqing;Zhang, Yuanyuan;Tao, Liang
CRISPR筛查是鉴定包括病毒和细菌毒素在内的病原体宿主因素的有力工具。在这里，我们提出了一种方案，在HeLa细胞上进行基因组规模的CRISPR筛选，寻找参与艰难梭状芽胞杆菌TcdB4毒素作用的宿主因素。我们详细描述了如何准备文库、建立筛选、获得基因序列并对结果进行分析。该方案还可以针对其他基因组规模的文库、细胞系和细胞毒素进行修改。有关本议定书的使用和执行的完整细节，请参阅。在HeLa细胞中进行全基因组CRISPR基因敲除筛查的兼容协议详细说明了在HeLa细胞中生成CRISPR基因敲除文库的步骤使用Illumine平台和CRISPR筛查数据处理出版商评估多轮筛查测序的适当毒素浓度：进行任何实验协议都需要遵守当地机构的实验室安全和伦理指南。CRISPR筛查是鉴定包括病毒和细菌毒素在内的病原体宿主因素的有力工具。在这里，我们提出了一种方案，在HeLa细胞上进行基因组规模的CRISPR筛选，寻找参与艰难梭状芽胞杆菌TcdB4毒素作用的宿主因素。我们详细描述了如何准备文库、建立筛选、获得基因序列并对结果进行分析。该方案还可以针对其他基因组规模的文库、细胞系和细胞毒素进行修改。
CRISPR screening is a powerful tool to identify host factors for pathogenic agents including viruses and bacterial toxins. Here, we present a protocol to conduct a genome-scale CRISPR screen on HeLa cells for host factors involved in the toxin action of Clostridioides difficile TcdB4. We describe in detail how to prepare the library, set up the screen, obtain the gene sequences, and analyze the results. This protocol can also be modified for other genome-scale libraries, cell lines, and cytotoxins. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. A compatible protocol to perform genome-wide CRISPR knockout screens in HeLa cells Detailed steps for generating CRISPR knockout library in HeLa cells Estimation of appropriate toxin concentration for multi-round screening Sequencing using Illumine platform and CRISPR screen data processing Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. CRISPR screening is a powerful tool to identify host factors for pathogenic agents including viruses and bacterial toxins. Here, we present a protocol to conduct a genome-scale CRISPR screen on HeLa cells for host factors involved in the toxin action of Clostridioides difficile TcdB4. We describe in detail how to prepare the library, set up the screen, obtain the gene sequences, and analyze the results. This protocol can also be modified for other genome-scale libraries, cell lines, and cytotoxins.
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影响因子：
64.8
作者：
Tao L;Zhang J;Meraner P;Tovaglieri A;Wu X;Gerhard R;Zhang X;Stallcup WB;Miao J;He X;Hurdle JG;Breault DT;Brass AL;Dong M
通讯作者：
Dong M
DOI：
10.1038/nrg3899
发表时间：
2015-05
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Shalem O;Sanjana NE;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
DOI：
10.1126/science.1247005
发表时间：
2014-01-03
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Shalem O;Sanjana NE;Hartenian E;Shi X;Scott DA;Mikkelson T;Heckl D;Ebert BL;Root DE;Doench JG;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
对流行性艰难梭菌毒素 B 变体的功能分析揭示了它们在利用受体和诱导病理学方面的差异。
影响因子：
6.7
作者：
Pan Z;Zhang Y;Luo J;Li D;Zhou Y;He L;Yang Q;Dong M;Tao L
通讯作者：
Tao L
影响因子：
64.5
作者：
Luo, Jianhua;Yang, Qi;Tao, Liang
通讯作者：
Tao, Liang