PROMALS web server for accurate multiple protein sequence alignments.
PROMALS web server for accurate multiple protein sequence alignments.
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DOI：
10.1093/nar/gkm227
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Grishin NV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pei J;Kim BH;Tang M;Grishin NV
多序列比对在同源推断、结构建模、功能预测和系统发育分析中具有重要意义。我们开发了一个web服务器，使用PROMALS构建多个蛋白质序列比对，PROMALS是一种进步的方法，通过使用来自PSI-BLAST搜索的额外同源物和来自PSIPRED的二级结构预测来提高比对质量。PROMALS比MUMMALS、ProbCons、MAFFT和SPEM等先进方法具有更高的对准精度。PROMALS web服务器以FASTA格式的蛋白质序列作为输入。输出包括一个彩色的排列，增加了序列分组、预测的二级结构和位置守恒的信息。PROMALS web服务器的网址是：http://prodata.swmed.edu/promals/
Multiple sequence alignments are essential in homology inference, structure modeling, functional prediction and phylogenetic analysis. We developed a web server that constructs multiple protein sequence alignments using PROMALS, a progressive method that improves alignment quality by using additional homologs from PSI-BLAST searches and secondary structure predictions from PSIPRED. PROMALS shows higher alignment accuracy than other advanced methods, such as MUMMALS, ProbCons, MAFFT and SPEM. The PROMALS web server takes FASTA format protein sequences as input. The output includes a colored alignment augmented with information about sequence grouping, predicted secondary structures and positional conservation. The PROMALS web server is available at: http://prodata.swmed.edu/promals/
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.8
作者：
Pei, JM;Sadreyev, R;Grishin, NV
通讯作者：
Grishin, NV
影响因子：
5.8
作者：
Zhou, HY;Zhou, YQ
通讯作者：
Zhou, YQ
影响因子：
14.9
作者：
Simossis VA;Heringa J
通讯作者：
Heringa J
影响因子：
5.6
作者：
Jones, DT
通讯作者：
Jones, DT