Construction of Peptide Library in Mammalian Cells by dsDNA-Based Strategy.
Construction of Peptide Library in Mammalian Cells by dsDNA-Based Strategy.
复制标题
基于 dsDNA 的哺乳动物细胞肽库构建
DOI：
10.1021/acsomega.2c06402
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发表时间：
2023-01-10
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Li, Shuai
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Su, Weijun;Wang, Yi;Zou, Siqi;Zhao, Yanjie;Li, Yifan;Zhang, Chunze;Guo, Xiaojing;Li, Shuai
虽然以噬菌体展示为代表的各种展示技术已被广泛应用于药物发现，但它们仍然难以实现基于功能的肽筛选，而在大多数情况下，肽筛选是在哺乳动物细胞中进行的。大多数尝试用哺乳动物平台筛选功能肽利用质粒来存储编码信息。我们以前的工作建立了双链DNA（dsDNA）作为创新的生物部件，在哺乳动物细胞中实现与门遗传电路。在目前的研究中，我们采用末端NNK简并密码子的双链DNA在哺乳动物细胞中实现AND门遗传电路并产生肽库。这种基于dsDNA的AND门（DBAG）肽库构建策略易于执行，仅需要PCR反应和细胞转染。高通量测序（HTS）和单细胞测序结果显示DBAG肽库的肽长度和氨基酸序列的多样性。此外，作为该策略的可行性测试，我们通过将DBAG肽库应用于基于哺乳动物细胞的双杂交系统来鉴定MDM2相互作用肽。我们的工作建立了以末端简并密码子为生物学部分的双链DNA，在哺乳动物细胞中构建肽库，具有很大的应用潜力。
While different display technologies, represented by phage display, have been widely used in drug discovery, they still can hardly achieve function-based peptide screening, which in most cases is performed in mammalian cells. And most attempts to screen functional peptides with mammalian platforms utilized plasmids to store coding information. Our previous work established double-stranded DNAs (dsDNAs) as innovative biological parts to implement AND-gate genetic circuits in mammalian cells. In the current study, we employ dsDNAs with terminal NNK degenerate codons to implement AND-gate genetic circuits and generate peptide libraries in mammalian cells. This dsDNA-based AND-gate (DBAG) peptide library construction strategy is easy to perform, requiring only PCR reaction and cell transfection. High-throughput sequencing (HTS) and single-cell sequencing results revealed both peptide length and amino acid sequence diversity of DBAG peptide libraries. Moreover, as a feasibility test of this strategy, we identified an MDM2-interacting peptide by applying the DBAG peptide library to a mammalian cell-based two-hybrid system. Our work establishes dsDNAs with terminal degenerate codons as biological parts to build peptide libraries in mammalian cells, which may have great application potential in the future.
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影响因子：
3.7
作者：
Nagata T;Shirakawa K;Kobayashi N;Shiheido H;Tabata N;Sakuma-Yonemura Y;Horisawa K;Katahira M;Doi N;Yanagawa H
通讯作者：
Yanagawa H
DOI：
10.1073/pnas.89.17.7958
发表时间：
1992-09-01
影响因子：
11.1
作者：
FEARON, ER;FINKEL, T;DANG, CV
通讯作者：
DANG, CV
影响因子：
3.8
作者：
Rahal, Elias A.;Henricksen, Leigh A.;Dixon, Kathleen
通讯作者：
Dixon, Kathleen
DOI：
10.1073/pnas.1114010108
发表时间：
2011-12-20
影响因子：
11.1
作者：
Bowers, Peter M.;Horlick, Robert A.;King, David J.
通讯作者：
King, David J.
基因组尺度CRISPR-CAS9敲除和转录激活筛选。
影响因子：
14.8
作者：
Joung J;Konermann S;Gootenberg JS;Abudayyeh OO;Platt RJ;Brigham MD;Sanjana NE;Zhang F
通讯作者：
Zhang F