Spatiotemporal persistence of multiple, diverse clades and toxins of Corynebacterium diphtheriae.
Spatiotemporal persistence of multiple, diverse clades and toxins of Corynebacterium diphtheriae.
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DOI：
10.1038/s41467-021-21870-5
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发表时间：
2021-03-08
影响因子：
16.6
通讯作者：
Mutreja A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Will RC;Ramamurthy T;Sharma NC;Veeraraghavan B;Sangal L;Haldar P;Pragasam AK;Vasudevan K;Kumar D;Das B;Heinz E;Melnikov V;Baker S;Sangal V;Dougan G;Mutreja A
白喉是一种由白喉棒状杆菌引起的呼吸道疾病。尽管20世纪30年代基于毒素的疫苗的研发使得对该疾病有了高度的控制，但近年来病例有所增加。在此，我们描述了122年间来自16个国家和地区的502株白喉棒状杆菌分离株的基因组变异。我们构建了一个核心基因系统发育树，并确定了291株产毒（tox⁺）分离株中抗菌耐药基因的存在以及tox基因内的变异。在系统发育树中观察到众多高度多样的白喉棒状杆菌簇，每个簇都包含来自多个国家、地区以及不同分离时间的分离株。过去十年中抗菌耐药基因的数量以及抗生素耐药的广度比以往任何时候都要大得多。我们鉴定并分析了18种tox基因变体，据估计这些突变对结构有中等到高度的影响。
近年来白喉病例有所增加。在此，作者分析了122年间来自16个国家和地区的502株白喉棒状杆菌分离株的基因组，描述了抗菌耐药基因的增加并鉴定了毒素变体。
Diphtheria is a respiratory disease caused by the bacterium Corynebacterium diphtheriae. Although the development of a toxin-based vaccine in the 1930s has allowed a high level of control over the disease, cases have increased in recent years. Here, we describe the genomic variation of 502 C. diphtheriae isolates across 16 countries and territories over 122 years. We generate a core gene phylogeny and determine the presence of antimicrobial resistance genes and variation within the tox gene of 291 tox+ isolates. Numerous, highly diverse clusters of C. diphtheriae are observed across the phylogeny, each containing isolates from multiple countries, regions and time of isolation. The number of antimicrobial resistance genes, as well as the breadth of antibiotic resistance, is substantially greater in the last decade than ever before. We identified and analysed 18 tox gene variants, with mutations estimated to be of medium to high structural impact. Cases of diphtheria have increased in recent years. Here, the authors analyse the genomes of 502 Corynebacterium diphtheriae isolates across 16 countries and territories over 122 years, describing an increase in antimicrobial resistance genes and identifying toxin variants.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx610
发表时间：
2018-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hadfield J;Croucher NJ;Goater RJ;Abudahab K;Aanensen DM;Harris SR
通讯作者：
Harris SR
影响因子：
14.8
作者：
Kelley LA;Mezulis S;Yates CM;Wass MN;Sternberg MJ
通讯作者：
Sternberg MJ
影响因子：
3.9
作者：
Argimón S;Abudahab K;Goater RJE;Fedosejev A;Bhai J;Glasner C;Feil EJ;Holden MTG;Yeats CA;Grundmann H;Spratt BG;Aanensen DM
通讯作者：
Aanensen DM
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
19
作者：
Both, L.;White, J.;Efstratiou, A.
通讯作者：
Efstratiou, A.