CRSD: a comprehensive web server for composite regulatory signature discovery.
CRSD: a comprehensive web server for composite regulatory signature discovery.
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CRSD：用于复合监管签名发现的综合Web服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkl279
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang, Pan-Chyr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu, Chun-Chi;Lin, Chin-Chung;Chen, Wen-Shyen E.;Chen, Hsuan-Yu;Chang, Pei-Chun;Chen, Jeremy J. W.;Yang, Pan-Chyr
转录因子和microRNA在人类基因表达调控中起着重要作用，二者联合调控基因表达是一个新的研究领域。我们构建了一个综合的Web服务器，复合调控签名数据库（CRSD），可以应用于研究复杂的调控行为，包括基因表达签名（GES），microRNA调控签名（MRS）和TF调控签名（TRS）。CRSD整合了六个著名的大型数据库，包括人类UniGene、成熟microRNA、推定启动子、TRANSFAC、途径和基因本体（GO）数据库，以提供全面的分析。两个新的全基因组数据库，MRS和TRS，也被构建并进一步整合到CRSD。为了一次性完成微阵列数据的分析，包括微阵列数据的预处理，统计和聚类分析，迭代富集分析和模体发现的几种方法，紧密结合在Web服务器上，这是在以前的研究中没有的情况。我们的实施表明，已发表的文献可以证明全基因组富集分析的结果。我们的结论是，CRSD是一个强大的和有用的生物信息学网络服务器，并可能提供新的见解基因调控网络。CRSD和在线教程可在。
Transcription factors (TFs) and microRNAs play important roles in the regulation of human gene expression, and the study of their combinatory regulations of gene expression is a new research field. We constructed a comprehensive web server, the composite regulatory signature database (CRSD), that can be applied in investigating complex regulatory behaviors involving gene expression signatures (GESs), microRNA regulatory signatures (MRSs) and TF regulatory signatures (TRSs). Six well-known and large-scale databases, including the human UniGene, mature microRNAs, putative promoter, TRANSFAC, pathway and Gene Ontology (GO) databases, were integrated to provide the comprehensive analysis in CRSD. Two new genome-wide databases, of MRSs and TRSs, were also constructed and further integrated into CRSD. To accomplish the microarray data analysis at one go, several methods, including microarray data pretreatment, statistical and clustering analysis, iterative enrichment analysis and motif discovery, were closely integrated in the web server, which has not been the case in previous studies. Our implementation showed that the published literature could demonstrate the results of genome-wide enrichment analysis. We conclude that CRSD is a powerful and useful bioinformatic web server and may provide new insights into gene regulation networks. CRSD and the online tutorial are publicly available at .
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