Poor data stewardship will hinder global genetic diversity surveillance.
Poor data stewardship will hinder global genetic diversity surveillance.
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DOI：
10.1073/pnas.2107934118
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发表时间：
2021-08-24
影响因子：
11.1
通讯作者：
Crandall ED
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Toczydlowski RH;Liggins L;Gaither MR;Anderson TJ;Barton RL;Berg JT;Beskid SG;Davis B;Delgado A;Farrell E;Ghoojaei M;Himmelsbach N;Holmes AE;Queeno SR;Trinh T;Weyand CA;Bradburd GS;Riginos C;Toonen RJ;Crandall ED
基因组数据正在以惊人的速度产生和存档，目前的研究可能成为未来全球遗传多样性分析和监测计划的历史基线。然而，当我们评估世界上最大的基因组数据库中野生和驯化真核生物物种的基因组数据的潜在效用时，我们发现大多数存档的基因组数据集（86%）缺乏遗传生物多样性监测所需的时空元数据。对已发表论文的子集进行了密集的搜索，仅为这些基因组数据集中的33%（如果考虑地名，则为39%）提供了地理空间坐标和收集年份。简化数据输入流程、更新元数据存放政策和提高科学界的认识是迫切需要的，以保护当今遗传生物多样性的这些不可替代的记录，并填补日益扩大的元数据缺口。
Genomic data are being produced and archived at a prodigious rate, and current studies could become historical baselines for future global genetic diversity analyses and monitoring programs. However, when we evaluated the potential utility of genomic data from wild and domesticated eukaryote species in the world’s largest genomic data repository, we found that most archived genomic datasets (86%) lacked the spatiotemporal metadata necessary for genetic biodiversity surveillance. Labor-intensive scouring of a subset of published papers yielded geospatial coordinates and collection years for only 33% (39% if place names were considered) of these genomic datasets. Streamlined data input processes, updated metadata deposition policies, and enhanced scientific community awareness are urgently needed to preserve these irreplaceable records of today’s genetic biodiversity and to plug the growing metadata gap.
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