VoDEx: a Python library for time annotation and management of volumetric functional imaging data.
VoDEx: a Python library for time annotation and management of volumetric functional imaging data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad568
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发表时间：
2023-09-02
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在功能成像研究中，准确地同步实验操作和刺激呈现的时间过程与所得的成像数据是至关重要的分析。目前的软件工具缺乏这样的功能，需要手动处理实验和成像数据，这是容易出错的，并且可能是不可再现的。我们介绍VoDEx，这是一个开源Python库，可以简化功能成像数据的数据管理和分析。VoDEx将实验时间轴和事件（例如，呈现的刺激、记录的行为）与成像数据结合起来。VoDEx提供了用于记录和存储时间轴注释的工具，并支持基于特定时间和基于操作的实验条件检索成像数据。VoDEx是一个开源Python库，可以通过“pip install”命令安装。它在BSD许可证下发布，其源代码可在GitHub上公开访问（https：//github.com/LemonJust/vodex）。napari-vodex插件提供了一个图形界面，可以通过napari插件菜单或使用“pip install”安装。napari插件的源代码可以在GitHub（https：//github.com/LemonJust/napari-vodex）上找到。提交时的软件版本存档在Zenodo（版本v1.0.18，https：//zenodo.org/record/8061531）。
In functional imaging studies, accurately synchronizing the time course of experimental manipulations and stimulus presentations with resulting imaging data is crucial for analysis. Current software tools lack such functionality, requiring manual processing of the experimental and imaging data, which is error-prone and potentially non-reproducible. We present VoDEx, an open-source Python library that streamlines the data management and analysis of functional imaging data. VoDEx synchronizes the experimental timeline and events (e.g. presented stimuli, recorded behavior) with imaging data. VoDEx provides tools for logging and storing the timeline annotation, and enables retrieval of imaging data based on specific time-based and manipulation-based experimental conditions. VoDEx is an open-source Python library and can be installed via the “pip install” command. It is released under a BSD license, and its source code is publicly accessible on GitHub (https://github.com/LemonJust/vodex). A graphical interface is available as a napari-vodex plugin, which can be installed through the napari plugins menu or using “pip install.” The source code for the napari plugin is available on GitHub (https://github.com/LemonJust/napari-vodex). The software version at the time of submission is archived at Zenodo (version v1.0.18, https://zenodo.org/record/8061531).
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影响因子：
64.8
作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
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Oliphant TE
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25
作者：
Mathis, Alexander;Mamidanna, Pranav;Bethge, Matthias
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Bethge, Matthias
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作者：
Lopes G;Monteiro P
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Monteiro P
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作者：
Akam T;Lustig A;Rowland JM;Kapanaiah SK;Esteve-Agraz J;Panniello M;Márquez C;Kohl MM;Kätzel D;Costa RM;Walton ME
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Walton ME
影响因子：
7.7
作者：
Gabriel, Christopher J.;Zeidler, Zachary;Jin, Benita;Guo, Changliang;Goodpaster, Caitlin M.;Kashay, Adrienne Q.;Wu, Anna;Delaney, Molly;Cheung, Jovian;DiFazio, Lauren E.;Sharpe, Melissa J.;Aharoni, Daniel;Wilke, Scott A.;DeNardo, Laura A.
通讯作者：
DeNardo, Laura A.