Fluorescence-based evaluation of shRNA efficacy.
Fluorescence-based evaluation of shRNA efficacy.
复制标题
DOI：
10.1016/j.ab.2011.06.008
复制
发表时间：
2011-10-01
影响因子：
2.9
通讯作者：
Gu HH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Naughton BJ;Han DD;Gu HH
RNA干扰是一种调节mrna水平的细胞机制。它已被广泛用于敲除特定的蛋白质靶点。所选择的干扰RNA序列极大地影响了其敲除靶标的能力。在这里，我们提出了一种构建多个测试质粒的方法，这些质粒表达针对mRNA不同区域的小发夹rna （shRNA）。在培养细胞中进行简单的荧光测试，可以方便地评估96孔板上许多不同shrna的mRNA敲除。我们发现，软件预测的shrna具有不同的功效，7个被测试的shrna中只有2个显著地击倒了它们的靶标。
RNA interference is a cellular mechanism regulating levels of mRNAs. It has been widely exploited to knockdown specific protein targets. The selected interfering RNA sequence greatly influences its ability to knockdown the target. Here we present a method for constructing multiple testing plasmids which express small hairpin RNAs (shRNA) targeting different regions of an mRNA. A simple fluorescence test in cultured cells allows convenient evaluation of mRNA knockdown by many different shRNAs on 96-well plates. We show that software predicted shRNAs have varying efficacies and only 2 of the 7 tested shRNAs significantly knocked down their targets.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1073/pnas.032652399
发表时间：
2002-02-05
影响因子：
11.1
作者：
Paddison, PJ;Caudy, AA;Hannon, GJ
通讯作者：
Hannon, GJ
影响因子：
64.8
作者：
Paddison, PJ;Silva, JM;Hannon, GJ
通讯作者：
Hannon, GJ
影响因子：
48
作者：
Merzlyak, Ekaterina M.;Goedhart, Joachim;Chudakov, Dmitriy M.
通讯作者：
Chudakov, Dmitriy M.
DOI：
10.1016/j.bbrc.2010.02.033
发表时间：
2010-03-12
影响因子：
3.1
作者：
Kamio, Naoka;Hirai, Hideyo;Ashihara, Eishi;Tenen, Daniel G.;Maekawa, Taira;Imanishi, Jiro
通讯作者：
Imanishi, Jiro
影响因子：
10.5
作者：
Paddison, PJ;Caudy, AA;Conklin, DS
通讯作者：
Conklin, DS