Long-read sequencing of the human cytomegalovirus transcriptome with the Pacific Biosciences RSII platform.
Long-read sequencing of the human cytomegalovirus transcriptome with the Pacific Biosciences RSII platform.
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DOI：
10.1038/sdata.2017.194
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发表时间：
2017-12-19
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Boldogkői Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Balázs Z;Tombácz D;Szűcs A;Snyder M;Boldogkői Z
长读RNA测序可以精确表征全长转录物，这使其成为转录组学中不可或缺的工具。人类巨细胞病毒（HCMV）基因组于1989年首次测序，尽管短读测序研究揭示了其转录组的大部分复杂性，但只有很少的转录本被完全注释。我们在此提供了由Pacific Biosciences RSII平台测序的HCMV感染的人肺成纤维细胞的长读段RNA测序数据集。使用oligo（dT）引物对7个SMRT细胞进行测序以逆转录poly（A）选择的RNA分子，并使用随机引物制备一个文库以逆转录rRNA耗尽的样品。我们的数据集包含122，636个人类和33，086个病毒（HMCV Towne株）读数。所描述的数据包括原始和处理后的测序文件，并与其他数据集相结合，它们可用于验证转录组分析工具，比较文库制备方法，测试碱基调用算法或鉴定遗传变异。
Long-read RNA sequencing allows for the precise characterization of full-length transcripts, which makes it an indispensable tool in transcriptomics. The human cytomegalovirus (HCMV) genome has been first sequenced in 1989 and although short-read sequencing studies have uncovered much of the complexity of its transcriptome, only few of its transcripts have been fully annotated. We hereby present a long-read RNA sequencing dataset of HCMV infected human lung fibroblast cells sequenced by the Pacific Biosciences RSII platform. Seven SMRT cells were sequenced using oligo(dT) primers to reverse transcribe poly(A)-selected RNA molecules and one library was prepared using random primers for the reverse transcription of the rRNA-depleted sample. Our dataset contains 122,636 human and 33,086 viral (HMCV strain Towne) reads. The described data include raw and processed sequencing files, and combined with other datasets, they can be used to validate transcriptome analysis tools, to compare library preparation methods, to test base calling algorithms or to identify genetic variants.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
3.7
作者：
Gordon SP;Tseng E;Salamov A;Zhang J;Meng X;Zhao Z;Kang D;Underwood J;Grigoriev IV;Figueroa M;Schilling JS;Chen F;Wang Z
通讯作者：
Wang Z
影响因子：
3.7
作者：
Tombácz D;Csabai Z;Oláh P;Balázs Z;Likó I;Zsigmond L;Sharon D;Snyder M;Boldogkői Z
通讯作者：
Boldogkői Z
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Ocwieja KE;Sherrill-Mix S;Mukherjee R;Custers-Allen R;David P;Brown M;Wang S;Link DR;Olson J;Travers K;Schadt E;Bushman FD
通讯作者：
Bushman FD