Dynamic regulation of HIV-1 mRNA populations analyzed by single-molecule enrichment and long-read sequencing.
Dynamic regulation of HIV-1 mRNA populations analyzed by single-molecule enrichment and long-read sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gks753
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发表时间：
2012-11-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bushman FD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ocwieja KE;Sherrill-Mix S;Mukherjee R;Custers-Allen R;David P;Brown M;Wang S;Link DR;Olson J;Travers K;Schadt E;Bushman FD
选择性 RNA 剪接极大地扩展了基因组编码的蛋白质库。新一代测序 (NGS) 由于每个碱基的效率和低成本而对于研究选择性剪接很有吸引力，但 NGS 典型的短读长仅报告包含一个或几个剪接点的 mRNA 片段。在这里，我们使用单分子扩增和长读长测序来研究 HIV-1 原病毒，其长度仅为 9700 bp，但通过选择性剪接编码九种主要蛋白质。我们的数据显示，临床分离株 HIV-189.6 产生至少 109 种不同的剪接 RNA，其中包括以前未被重视的 ∼1 kb 类信息，其中两种编码新蛋白质。 HIV-1 信息群体在细胞类型之间、感染过程中的纵向差异以及来自不同人类捐赠者的 T 细胞之间存在差异。这些发现为 HIV-1 复制的一个鲜为人知的方面打开了新的窗口，提出了治疗机会并为选择性剪接的研究提供了先进的工具。
Alternative RNA splicing greatly expands the repertoire of proteins encoded by genomes. Next-generation sequencing (NGS) is attractive for studying alternative splicing because of the efficiency and low cost per base, but short reads typical of NGS only report mRNA fragments containing one or few splice junctions. Here, we used single-molecule amplification and long-read sequencing to study the HIV-1 provirus, which is only 9700 bp in length, but encodes nine major proteins via alternative splicing. Our data showed that the clinical isolate HIV-189.6 produces at least 109 different spliced RNAs, including a previously unappreciated ∼1 kb class of messages, two of which encode new proteins. HIV-1 message populations differed between cell types, longitudinally during infection, and among T cells from different human donors. These findings open a new window on a little studied aspect of HIV-1 replication, suggest therapeutic opportunities and provide advanced tools for the study of alternative splicing.
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