Insight into F plasmid DNA segregation revealed by structures of SopB and SopB-DNA complexes.
Insight into F plasmid DNA segregation revealed by structures of SopB and SopB-DNA complexes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq161
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Xu W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schumacher MA;Piro KM;Xu W
准确的DNA分离对于基因组传递是必不可少的。原型F质粒的分离需要着丝粒结合蛋白SopB、NTR SopA和sopC着丝粒。SopB显示出一系列有趣的DNA结合特性，这些特性对于分配至关重要;它结合sopC以形成分配复合物，从而招募SopA，并且它还包覆DNA以防止非特异性SopA-DNA相互作用，从而抑制SopA聚合。为了了解SopB的无数功能，我们确定了一系列SopB-DNA晶体结构。SopB不扭曲其DNA位点，我们的数据表明，SopB-sopC形成一个扩展的，而不是包裹分区复杂的SopA相互作用的结构域对齐的一面。SopB是一种多结构域蛋白，与P1 ParB一样，它含有一个全螺旋DNA结合结构域，该结构域与一个紧凑的（β3-α）2二聚体结构域柔性连接。与P1 ParB不同，SopB二聚体结构域不结合DNA。此外，SopB含有一个独特的二级二聚化基序，在DNA双链体之间架起桥梁。观察到特异性和非特异性SopB-DNA桥接结构。这种DNA连接功能表明了SopB在反式DNA传播中的一种新机制，解释了它如何掩盖DNA以防止DNA介导的SopA聚合抑制。
Accurate DNA segregation is essential for genome transmission. Segregation of the prototypical F plasmid requires the centromere-binding protein SopB, the NTPase SopA and the sopC centromere. SopB displays an intriguing range of DNA-binding properties essential for partition; it binds sopC to form a partition complex, which recruits SopA, and it also coats DNA to prevent non-specific SopA–DNA interactions, which inhibits SopA polymerization. To understand the myriad functions of SopB, we determined a series of SopB–DNA crystal structures. SopB does not distort its DNA site and our data suggest that SopB–sopC forms an extended rather than wrapped partition complex with the SopA-interacting domains aligned on one face. SopB is a multidomain protein, which like P1 ParB contains an all-helical DNA-binding domain that is flexibly attached to a compact (β3–α)2 dimer-domain. Unlike P1 ParB, the SopB dimer-domain does not bind DNA. Moreover, SopB contains a unique secondary dimerization motif that bridges between DNA duplexes. Both specific and non-specific SopB–DNA bridging structures were observed. This DNA-linking function suggests a novel mechanism for in trans DNA spreading by SopB, explaining how it might mask DNA to prevent DNA-mediated inhibition of SopA polymerization.
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DOI：
10.1073/pnas.0507222102
发表时间：
2005-12-06
影响因子：
11.1
作者：
Lim, GE;Derman, AI;Pogliano, J
通讯作者：
Pogliano, J
影响因子：
11.4
作者：
Dunham, Thomas D.;Xu, Weijun;Schumacher, Maria A.
通讯作者：
Schumacher, Maria A.
影响因子：
3.6
作者：
Hatano, Toshiyuki;Yamaichi, Yoshiharu;Niki, Hironori
通讯作者：
Niki, Hironori
影响因子：
10.5
作者：
Larsen, Rachel A.;Cusumano, Christina;Pogliano, Joe
通讯作者：
Pogliano, Joe
影响因子：
3.6
作者：
Golovanov, AP;Barillà, D;Lian, LY
通讯作者：
Lian, LY