MethMotif: an integrative cell specific database of transcription factor binding motifs coupled with DNA methylation profiles.
MethMotif: an integrative cell specific database of transcription factor binding motifs coupled with DNA methylation profiles.
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DOI：
10.1093/nar/gky1005
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Benoukraf T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xuan Lin QX;Sian S;An O;Thieffry D;Jha S;Benoukraf T
最近的几项研究将 DNA 甲基化描述为染色质内转录因子 (TF) 招募的新参与者，强调需要将 TF 结合位点 (TFBS) 与其各自的 DNA 甲基化谱连接起来。然而，当前的 TFBS 数据库仅限于 DNA 结合基序序列。在这里，我们提出了 MethMotif，一个二维 TFBS 数据库，它记录 TFBS 位置权重矩阵以及根据 ChIP-seq 和全基因组亚硫酸氢盐测序数据集计算得出的细胞类型特异性 CpG 甲基化信息。将 TFBS 基序与 TFBS DNA 甲基化整合可以更好地描绘 TF 识别的 DNA 位点的特征。特别是，我们发现 TFBS 内的 DNA 甲基化模式可能是细胞特异性的（例如 MAFF）。此外，对于给定的 TF，不同的 DNA 甲基化谱与不同的 DNA 结合基序（例如 REST）相关。迄今为止，MethMotif 数据库记录了 500 多个 TFBS，这些 TFBS 是根据 11 种不同细胞类型的 2000 多个 ChIP-seq 数据集计算得出的。 MethMotif 门户可通过开源 Web 界面 (https://bioinfo-csi.nus.edu.sg/methmotif) 访问，该界面允许用户直观地探索整个数据集并执行单个查询和批量查询。
Several recent studies have portrayed DNA methylation as a new player in the recruitment of transcription factors (TF) within chromatin, highlighting a need to connect TF binding sites (TFBS) with their respective DNA methylation profiles. However, current TFBS databases are restricted to DNA binding motif sequences. Here, we present MethMotif, a two-dimensional TFBS database that records TFBS position weight matrices along with cell type specific CpG methylation information computed from a combination of ChIP-seq and whole genome bisulfite sequencing datasets. Integrating TFBS motifs with TFBS DNA methylation better portrays the features of DNA loci recognised by TFs. In particular, we found that DNA methylation patterns within TFBS can be cell specific (e.g. MAFF). Furthermore, for a given TF, different DNA methylation profiles are associated with different DNA binding motifs (e.g. REST). To date, MethMotif database records over 500 TFBSs computed from over 2000 ChIP-seq datasets in 11 different cell types. MethMotif portal is accessible through an open source web interface (https://bioinfo-csi.nus.edu.sg/methmotif) that allows users to intuitively explore the entire dataset and perform both single, and batch queries.
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影响因子：
3.7
作者：
Buck-Koehntop BA;Defossez PA
通讯作者：
Defossez PA
DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
4.6
作者：
Jin J;Lian T;Gu C;Yu K;Gao YQ;Su XD
通讯作者：
Su XD
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
14.9
作者：
Khan A;Fornes O;Stigliani A;Gheorghe M;Castro-Mondragon JA;van der Lee R;Bessy A;Chèneby J;Kulkarni SR;Tan G;Baranasic D;Arenillas DJ;Sandelin A;Vandepoele K;Lenhard B;Ballester B;Wasserman WW;Parcy F;Mathelier A
通讯作者：
Mathelier A