Core promoter information content correlates with optimal growth temperature.
Core promoter information content correlates with optimal growth temperature.
复制标题
核心启动子信息内容与最佳生长温度相关。
DOI：
10.1038/s41598-018-19495-8
复制
发表时间：
2018-01-22
影响因子：
4.6
通讯作者：
Nadra AD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aptekmann AA;Nadra AD
蛋白质-DNA相互作用在很宽的温度范围内保持功能的微妙机制在很大程度上是未知的。在这项工作中，我们手动策划了与生物体生长温度相关的完整测序古细菌基因组的可用信息。我们构建了一个代表每个物种的核心启动子的基序，并计算了其信息含量。研究了最适生长温度（OGT）与启动子区信息含量（IC）的关系，发现G + C含量与OGT在tRNA区呈正相关，而与整个基因组无相关性。此外，我们发现，有一个积极的相关性之间的信息含量和最佳生长温度在美洲龙。这不能用C+G成分的增加或其他明显的机制来解释。这些发现表明，增加信息含量可以在高温下生活的生物体中产生积极的适应性。我们认为，分子信息理论可能需要适应超嗜热菌。
The subtle mechanisms by which protein-DNA interactions remain functional across a wide range of temperatures are largely unknown. In this work, we manually curated available information relating fully sequenced archaeal genomes with organism growth temperatures. We built a motif that represents the core promoter of each species and calculated its information content. We then studied the relation between optimal growth temperature (OGT) and information content (IC) in the promoter region.We found a positive correlation between G + C content and OGT in tRNA regions and not in overall genome. Furthermore, we found that there is a positive correlation between information content and optimal growth temperatures in Archaea. This can’t be explained by an increased C+G composition nor by other obvious mechanisms. These findings suggest that increased information content could produce a positive fitness in organisms living at high temperatures. We suggest that molecular information theory may need to be adapted for hyperthermophiles.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.3
作者：
Sabath N;Ferrada E;Barve A;Wagner A
通讯作者：
Wagner A
影响因子：
5.6
作者：
SCHNEIDER, TD;STORMO, GD;EHRENFEUCHT, A
通讯作者：
EHRENFEUCHT, A
DOI：
10.1098/rspb.2000.1397
发表时间：
2001-03-07
影响因子：
4.7
作者：
Hurst, LD;Merchant, AR
通讯作者：
Merchant, AR
影响因子：
5.6
作者：
Eliseo, Tommaso;Sanchez, Ignacio E.;Cicero, Daniel O.
通讯作者：
Cicero, Daniel O.
影响因子：
5.5
作者：
Wu H;Zhang Z;Hu S;Yu J
通讯作者：
Yu J