KrakenUniq: confident and fast metagenomics classification using unique k-mer counts.
KrakenUniq: confident and fast metagenomics classification using unique k-mer counts.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1568-0
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发表时间：
2018-11-16
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Breitwieser FP;Baker DN;Salzberg SL
假阳性识别是宏基因组学分类中的一个重要问题。我们提出了 KrakenUniq，一种新颖的宏基因组学分类器，它将 Kraken 的基于 k 聚体的快速分类与用于评估数据集中每个物种中发现的独特 k 聚体的覆盖范围的有效算法相结合。在各种测试数据集上，KrakenUniq 比其他方法具有更好的召回率和精确度，并有效地对传染病样本中低丰度的病原体和假阳性进行分类和区分。通过使用概率基数估计器 HyperLogLog，KrakenUniq 的运行速度与 Kraken 一样快，并且几乎不需要额外的内存。 KrakenUniq 可在 https://github.com/fbreitwieser/krakenuniq 免费获取。本文的在线版本 (10.1186/s13059-018-1568-0) 包含补充材料，可供授权用户使用。
False-positive identifications are a significant problem in metagenomics classification. We present KrakenUniq, a novel metagenomics classifier that combines the fast k-mer-based classification of Kraken with an efficient algorithm for assessing the coverage of unique k-mers found in each species in a dataset. On various test datasets, KrakenUniq gives better recall and precision than other methods and effectively classifies and distinguishes pathogens with low abundance from false positives in infectious disease samples. By using the probabilistic cardinality estimator HyperLogLog, KrakenUniq runs as fast as Kraken and requires little additional memory. KrakenUniq is freely available at https://github.com/fbreitwieser/krakenuniq. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1568-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
12.3
作者：
McIntyre ABR;Ounit R;Afshinnekoo E;Prill RJ;Hénaff E;Alexander N;Minot SS;Danko D;Foox J;Ahsanuddin S;Tighe S;Hasan NA;Subramanian P;Moffat K;Levy S;Lonardi S;Greenfield N;Colwell RR;Rosen GL;Mason CE
通讯作者：
Mason CE
DOI：
10.1016/j.jinf.2017.12.014
发表时间：
2018-03
期刊：
The Journal of infection
影响因子：
--
作者：
Brown JR;Bharucha T;Breuer J
通讯作者：
Breuer J
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt389
发表时间：
2013-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ames SK;Hysom DA;Gardner SN;Lloyd GS;Gokhale MB;Allen JE
通讯作者：
Allen JE
影响因子：
4.3
作者：
Huson DH;Beier S;Flade I;Górska A;El-Hadidi M;Mitra S;Ruscheweyh HJ;Tappu R
通讯作者：
Tappu R
克拉克：使用判别性k-mers对宏基因组和基因组序列进行快速准确分类。
影响因子：
4.4
作者：
Ounit R;Wanamaker S;Close TJ;Lonardi S
通讯作者：
Lonardi S