Super-Enhancers at the Nanog Locus Differentially Regulate Neighboring Pluripotency-Associated Genes.
Super-Enhancers at the Nanog Locus Differentially Regulate Neighboring Pluripotency-Associated Genes.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2016.09.002
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发表时间：
2016-09-27
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Rao S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blinka S;Reimer MH Jr;Pulakanti K;Rao S
超级增强子是组织特异性的顺式调控元件，可驱动与细胞特性和恶性相关的基因表达。超级增强子的一个主要特征是它们会被转录以产生长链非编码RNA（eRNA）。目前尚不清楚表观遗传学上无法区分的超级增强子是否能在原位强烈激活基因，以及这些功能是归因于eRNA还是DNA元件。利用CRISPR/Cas9系统地删除胚胎干细胞中Nanog基因座上的三个离散的超级增强子，揭示了Nanog转录调控的功能差异。Nanog上游45kb处的一个远端超级增强子（-45增强子）同时调控最近的相邻基因Nanog和Dppa3。有趣的是，在-45增强子处产生的eRNA通过稳定-45增强子和Dppa3的环化来特异性调控Dppa3的表达。我们的工作表明，需要进行基因组编辑来确定增强子的功能，并指出了一种通过去除eRNA来选择性靶向超级增强子调控的一部分基因的方法。
Super-enhancers are tissue specific cis-regulatory elements that drive expression of genes associated with cell identity and malignancy. A cardinal feature of super-enhancers is that they are transcribed to produce long non-coding RNAs (eRNAs). It remains unclear whether epigenetically indistinguishable super-enhancers robustly activate genes in situ and if these functions are attributable to eRNAs or the DNA element. CRISPR/Cas9 was used to systematically delete three discrete super-enhancers at the Nanog locus in embryonic stem cells, revealing functional differences in Nanog transcriptional regulation. One distal super-enhancer 45 kb upstream of Nanog (−45 enhancer) regulates both nearest neighbor genes Nanog and Dppa3. Interestingly, eRNAs produced at the −45 enhancer specifically regulate Dppa3 expression by stabilizing looping of the −45 enhancer and Dppa3. Our work illustrates that genomic editing is required to determine enhancer function and points to a method to selectively target a subset of super-enhancer regulated genes by depleting eRNAs.
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影响因子：
64.5
作者：
Mitsui, K;Tokuzawa, Y;Yamanaka, S
通讯作者：
Yamanaka, S
影响因子：
64.5
作者：
Guo C;Gerasimova T;Hao H;Ivanova I;Chakraborty T;Selimyan R;Oltz EM;Sen R
通讯作者：
Sen R
影响因子：
64.5
作者：
Hnisz D;Abraham BJ;Lee TI;Lau A;Saint-André V;Sigova AA;Hoke HA;Young RA
通讯作者：
Young RA
DOI：
10.1073/pnas.1324151111
发表时间：
2014-05-20
影响因子：
11.1
作者：
Hsieh, Chen-Lin;Fei, Teng;Kantoff, Philip W.
通讯作者：
Kantoff, Philip W.
影响因子：
16
作者：
Paralkar VR;Taborda CC;Huang P;Yao Y;Kossenkov AV;Prasad R;Luan J;Davies JO;Hughes JR;Hardison RC;Blobel GA;Weiss MJ
通讯作者：
Weiss MJ