Evidence that a consensus element found in naturally intronless mRNAs promotes mRNA export.
Evidence that a consensus element found in naturally intronless mRNAs promotes mRNA export.
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DOI：
10.1093/nar/gks1314
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发表时间：
2013-02-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Reed R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lei H;Zhai B;Yin S;Gygi S;Reed R
我们之前表明，由三个天然缺乏内含子的基因合成的 mRNA 包含其编码序列的一部分，称为细胞质积累区（CAR），这对于无内含子 mRNA 在细胞质中的稳定积累至关重要。每个 mRNA 中的 CAR 都出乎意料地大，大小范围为~160 到 285 nt。在这里，我们在每个 CAR 中鉴定了一个或多个 10 nt 共有序列的副本。为了确定该元件（称为 CAR-E）是否在无内含子 mRNA 的细胞质积累中发挥作用，我们将最保守的 CAR-E 多聚化，并将其插入到通常在细胞核中保留/降解的 β-珠蛋白 cDNA 上游。值得注意的是，串联 CAR-E（而非其反义对应物）拯救了 β-珠蛋白 cDNA 转录物的细胞质积累。此外，CAR-E 中的二核苷酸突变使这种救援无效。我们表明，CAR-E（而不是突变体 CAR-E）与 TREX mRNA 输出机制的组件、Prp19 复合物和 U2AF2 相关。此外，这些因子的敲除会导致无内含子 mRNA 的核保留。总之，这些数据表明 CAR-E 通过 mRNA 输出机制的序列依赖性募集来促进无内含子 mRNA 的输出。
We previously showed that mRNAs synthesized from three genes that naturally lack introns contain a portion of their coding sequence, known as a cytoplasmic accumulation region (CAR), which is essential for stable accumulation of the intronless mRNAs in the cytoplasm. The CAR in each mRNA is unexpectedly large, ranging in size from ∼160 to 285 nt. Here, we identified one or more copies of a 10-nt consensus sequence in each CAR. To determine whether this element (designated CAR-E) functions in cytoplasmic accumulation of intronless mRNA, we multimerized the most conserved CAR-E and inserted it upstream of β-globin cDNA, which is normally retained/degraded in the nucleus. Significantly, the tandem CAR-E, but not its antisense counterpart, rescued cytoplasmic accumulation of β-globin cDNA transcripts. Moreover, dinucleotide mutations in the CAR-E abolished this rescue. We show that the CAR-E, but not the mutant CAR-E, associates with components of the TREX mRNA export machinery, the Prp19 complex and U2AF2. Moreover, knockdown of these factors results in nuclear retention of the intronless mRNAs. Together, these data suggest that the CAR-E promotes export of intronless mRNA by sequence-dependent recruitment of the mRNA export machinery.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
16
作者：
Johnson, Sara Ann;Cubberley, Gabrielle;Bentley, David L.
通讯作者：
Bentley, David L.
影响因子：
64.5
作者：
Cheng, Hong;Dufu, Kobina;Reed, Robin
通讯作者：
Reed, Robin
影响因子：
16
作者：
Gilbert, W;Guthrie, C
通讯作者：
Guthrie, C