Optimized Fragmentation Regime for Diazirine Photo-Cross-Linked Peptides.
Optimized Fragmentation Regime for Diazirine Photo-Cross-Linked Peptides.
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DOI：
10.1021/acs.analchem.6b02082
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发表时间：
2016-08-16
影响因子：
7.4
通讯作者：
Rappsilber, Juri
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giese, Sven H.;Belsom, Adam;Rappsilber, Juri
交联/质谱学已经发展成为一种强大的技术，可以揭示蛋白质和蛋白质复合体的结构。我们利用一种具有改进的裂解能力的新的三联仪器进行系统比较，以确定哪种裂解方法最适合于识别交联肽。具体地说，我们探索了三种碎裂方法和两种组合：碰撞诱导解离(CID)、束流类型CID(HCD)、电子转移解离(ETD)、ETCID和EThcD。以胰酶消化、SDA交联的人血清白蛋白(HSA)为测试样品，通过各种方法和三重分析，得到2602个匹配的PSM和1390个连接残基对，错误发现率为5%，由晶体结构证实。HCD在匹配的肽谱匹配(958个PSM)和识别的链接(446个)数量上获胜。CID是最具互补性的，将已确定的链路数量增加了13%(58个链路)。HCD和EThcD在交链位点调用精度方面取得了胜利，大约62%的位点具有相邻的主干裂解，明确地定位于两个肽中的连接，而不假设任何交联剂对氨基酸的偏好。根据两种多肽的序列覆盖率判断，对于大多数多肽来说，EThcD的光谱的总体质量是最好的。序列覆盖对于复杂样本可能特别重要，对于复杂样本，我们提出了一种数据依赖的决策树，否则HCD是选择的方法。质谱学原始数据已存储在PROSE(PXD003737)中。
Cross-linking/mass spectrometry has evolved into a robust technology that reveals structural insights into proteins and protein complexes. We leverage a new tribrid instrument with improved fragmentation capacities in a systematic comparison to identify which fragmentation method would be best for the identification of cross-linked peptides. Specifically, we explored three fragmentation methods and two combinations: collision-induced dissociation (CID), beam-type CID (HCD), electron-transfer dissociation (ETD), ETciD, and EThcD. Trypsin-digested, SDA-cross-linked human serum albumin (HSA) served as a test sample, yielding over all methods and in triplicate analysis in total 2602 matched PSMs and 1390 linked residue pairs at 5% false discovery rate, as confirmed by the crystal structure. HCD wins in number of matched peptide-spectrum-matches (958 PSMs) and identified links (446). CID is most complementary, increasing the number of identified links by 13% (58 links). HCD wins together with EThcD in cross-link site calling precision, with approximately 62% of sites having adjacent backbone cleavages that unambiguously locate the link in both peptides, without assuming any cross-linker preference for amino acids. Overall quality of spectra, as judged by sequence coverage of both peptides, is best for EThcD for the majority of peptides. Sequence coverage might be of particular importance for complex samples, for which we propose a data dependent decision tree, else HCD is the method of choice. The mass spectrometric raw data has been deposited in PRIDE (PXD003737).
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DOI：
10.1074/mcp.m113.034769
发表时间：
2014-01
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Hebert AS;Richards AL;Bailey DJ;Ulbrich A;Coughlin EE;Westphall MS;Coon JJ
通讯作者：
Coon JJ
DOI：
10.1074/mcp.m111.014126
发表时间：
2012-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Leitner A;Reischl R;Walzthoeni T;Herzog F;Bohn S;Förster F;Aebersold R
通讯作者：
Aebersold R
DOI：
10.1074/mcp.m115.048504
发表时间：
2016-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Belsom A;Schneider M;Fischer L;Brock O;Rappsilber J
通讯作者：
Rappsilber J
影响因子：
7.4
作者：
Frese, Christian K.;Altelaar, A. F. Maarten;Mohammed, Shabaz
通讯作者：
Mohammed, Shabaz
影响因子：
3.3
作者：
Fischer, Lutz;Chen, Zhuo Angel;Rappsilber, Jun
通讯作者：
Rappsilber, Jun