Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated gene inactivation.
Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated gene inactivation.
复制标题
CRISPR-CAS9介导的基因失活的高度活性SGRNA的合理设计。
DOI：
10.1038/nbt.3026
复制
发表时间：
2014-12
影响因子：
46.9
通讯作者：
Root, David E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doench, John G.;Hartenian, Ella;Graham, Daniel B.;Tothova, Zuzana;Hegde, Mudra;Smith, Ian;Sullender, Meagan;Ebert, Benjamin L.;Xavier, Ramnik J.;Root, David E.
原核聚集规律穿插回文重复（CRISPR）基因座的组成部分最近被重新用于哺乳动物细胞。Cas9蛋白可以用单个引导RNA （sgRNA）编程以产生位点特异性DNA断裂，但是很少有已知的规则控制该系统的靶向有效性。我们创建了一个sgRNAs库，覆盖了6个内源性小鼠和3个内源性人类基因的所有可能的靶位点，并通过抗体染色和流式细胞术定量评估了它们产生靶基因零等位基因的能力。我们发现了提高活性的序列特征，包括对化脓性链球菌Cas9的原间隔邻近基序（PAM）的进一步优化。研究人员利用1841个sgRNA的结果构建了sgRNA活性的预测模型，以改进用于基因编辑和遗传筛选的sgRNA设计。我们提供了一个在线工具，为任何感兴趣的基因设计高活性的sgrna。
Components of the prokaryotic clustered regularly interspersed palindromic repeat (CRISPR) loci have recently been repurposed for use in mammalian cells. The Cas9 protein can be programmed with a single guide RNA (sgRNA) to generate site-specific DNA breaks, but there are few known rules governing on-target efficacy of this system. We created a pool of sgRNAs, tiling across all possible target sites of a panel of six endogenous mouse and three endogenous human genes and quantitatively assessed their ability to produce null alleles of their target gene by antibody staining and flow cytometry. We discovered sequence features that improved activity, including a further optimization of the proto-spacer adjacent motif (PAM) of Streptococcus pyogenes Cas9. The results from 1,841 sgRNAs were used to construct a predictive model of sgRNA activity to improve sgRNA design for gene editing and genetic screens. We provide an online tool for the design of highly active sgRNAs for any gene of interest.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Yang H;Wang H;Shivalila CS;Cheng AW;Shi L;Jaenisch R
通讯作者：
Jaenisch R
影响因子：
7
作者：
Cho SW;Kim S;Kim Y;Kweon J;Kim HS;Bae S;Kim JS
通讯作者：
Kim JS
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
影响因子：
46.9
作者：
Kuscu, Cem;Arslan, Sevki;Adli, Mazhar
通讯作者：
Adli, Mazhar