Innate immune activity conditions the effect of regulatory variants upon monocyte gene expression.
Innate immune activity conditions the effect of regulatory variants upon monocyte gene expression.
复制标题
DOI：
10.1126/science.1246949
复制
发表时间：
2014-03-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Knight JC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fairfax BP;Humburg P;Makino S;Naranbhai V;Wong D;Lau E;Jostins L;Plant K;Andrews R;McGee C;Knight JC
为了系统地研究免疫刺激对调节变体活性的影响，我们将432名健康欧洲人的初级单核细胞暴露于干扰素-γ（IFN-γ）或不同持续时间的脂多糖，并绘制表达数量性状基因座（eQTL）。超过一半的cis-eQTL，涉及数百个基因和相关的途径，被检测到特异性刺激单核细胞。诱导的先天免疫活性揭示了多个主调节trans-eQTL，包括主要组织相容性复合体（MHC）、改变酶和受体功能的编码变体、显示时间特异性的IFN-β细胞因子网络和干扰素调节因子2（IRF 2）转录因子调节的网络。诱导的eQTL显著富集全基因组关联研究位点，鉴定与推定的致病基因（包括CARD 9、ATM和IRF 8）的上下文特异性关联。因此，应用病理生理学相关的免疫刺激有助于解决功能性遗传变异。
To systematically investigate the impact of immune stimulation upon regulatory variant activity, we exposed primary monocytes from 432 healthy Europeans to interferon-γ (IFN-γ) or differing durations of lipopolysaccharide and mapped expression quantitative trait loci (eQTLs). More than half of cis-eQTLs identified, involving hundreds of genes and associated pathways, are detected specifically in stimulated monocytes. Induced innate immune activity reveals multiple master regulatory trans-eQTLs including the major histocompatibility complex (MHC), coding variants altering enzyme and receptor function, an IFN-β cytokine network showing temporal specificity, and an interferon regulatory factor 2 (IRF2) transcription factor–modulated network. Induced eQTL are significantly enriched for genome-wide association study loci, identifying context-specific associations to putative causal genes including CARD9, ATM, and IRF8. Thus, applying pathophysiologically relevant immune stimuli assists resolution of functional genetic variants.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Gregory, Adam P.;Dendrou, Calliope A.;Attfield, Kathrine E.;Haghikia, Aiden;Xifara, Dionysia K.;Butter, Falk;Poschmann, Gereon;Kaur, Gurman;Lambert, Lydia;Leach, Oliver A.;Proemel, Simone;Punwani, Divya;Felce, James H.;Davis, Simon J.;Gold, Ralf;Nielsen, Finn C.;Siegel, Richard M.;Mann, Matthias;Bell, John I.;McVean, Gil;Fugger, Lars
通讯作者：
Fugger, Lars
通过单数值分解和独立的成分分析来映射基因表达定量特质基因座。
影响因子：
3
作者：
Biswas, Shameek;Storey, John D.;Akey, Joshua M.
通讯作者：
Akey, Joshua M.
来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Gaffney DJ
通讯作者：
Gaffney DJ
影响因子：
30.8
作者：
Fairfax, Benjamin P.;Makino, Seiko;Radhakrishnan, Jayachandran;Plant, Katharine;Leslie, Stephen;Dilthey, Alexander;Ellis, Peter;Langford, Cordelia;Vannberg, Fredrik O.;Knight, Julian C.
通讯作者：
Knight, Julian C.