Accurate long-read de novo assembly evaluation with Inspector.
Accurate long-read de novo assembly evaluation with Inspector.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02527-4
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发表时间：
2021-11-14
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Chong Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen Y;Zhang Y;Wang AY;Gao M;Chong Z
长读从头基因组组装继续快速推进。然而，缺乏有效的工具来准确评估装配结果，特别是结构误差。我们提出Inspector，一个无参考的长读从头组装评估器，它忠实地报告错误类型和它们的精确位置。值得注意的是，Inspector可以根据覆盖错误区域的原始读取得出的一致序列来纠正汇编错误。基于来自多个长读数据和汇编器的硅和长读汇编结果，我们证明除了提供通用指标外，Inspector还可以准确识别大规模和小规模的汇编错误。在线版本包含补充材料，可在10.1186/s13059-021-02527-4获得。
Long-read de novo genome assembly continues to advance rapidly. However, there is a lack of effective tools to accurately evaluate the assembly results, especially for structural errors. We present Inspector, a reference-free long-read de novo assembly evaluator which faithfully reports types of errors and their precise locations. Notably, Inspector can correct the assembly errors based on consensus sequences derived from raw reads covering erroneous regions. Based on in silico and long-read assembly results from multiple long-read data and assemblers, we demonstrate that in addition to providing generic metrics, Inspector can accurately identify both large-scale and small-scale assembly errors. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02527-4.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw663
发表时间：
2017-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Mapleson D;Garcia Accinelli G;Kettleborough G;Wright J;Clavijo BJ
通讯作者：
Clavijo BJ
通过高精度和完整的纠错，高效组装纳米孔读数。
影响因子：
16.6
作者：
Chen Y;Nie F;Xie SQ;Zheng YF;Dai Q;Bray T;Wang YX;Xing JF;Huang ZJ;Wang DP;He LJ;Luo F;Wang JX;Liu YZ;Xiao CL
通讯作者：
Xiao CL
影响因子：
48
作者：
Cheng H;Concepcion GT;Feng X;Zhang H;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
46.9
作者：
Kolmogorov, Mikhail;Yuan, Jeffrey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.