Nanopore ReCappable sequencing maps SARS-CoV-2 5' capping sites and provides new insights into the structure of sgRNAs.
Nanopore ReCappable sequencing maps SARS-CoV-2 5' capping sites and provides new insights into the structure of sgRNAs.
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DOI：
10.1093/nar/gkac144
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发表时间：
2022-04-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Leonardi T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ugolini C;Mulroney L;Leger A;Castelli M;Criscuolo E;Williamson MK;Davidson AD;Almuqrin A;Giambruno R;Jain M;Frigè G;Olsen H;Tzertzinis G;Schildkraut I;Wulf MG;Corrêa IR;Ettwiller L;Clementi N;Clementi M;Mancini N;Birney E;Akeson M;Nicassio F;Matthews DA;Leonardi T
SARS-CoV-2病毒具有复杂的转录组，其特征在于多个嵌套的亚基因组RNA用于表达结构蛋白和辅助蛋白。长读段测序技术，如纳米孔直接RNA测序，可以恢复全长转录本，大大简化了结构复杂的RNA的组装。然而，这些技术不能检测5′端帽，因此妨碍了全长编码转录物模型的可靠鉴定和定量。在这里，我们使用了纳米孔ReCappable测序（NRCeq），一种可以识别加帽全长RNA的新技术，来组装SARS-CoV-2 sgRNA的完整注释，并注释整个病毒基因组中加帽位点的位置。我们获得了跨细胞系和病毒分离株的sgRNA表达的稳健估计，并鉴定了新的经典和非经典sgRNA，包括使用先前未注释的前导-体连接位点的sgRNA。这项工作产生的数据为科学界提供了有用的资源，并为SARS-CoV-2 sgRNA转录调控机制提供了重要的见解。
The SARS-CoV-2 virus has a complex transcriptome characterised by multiple, nested subgenomic RNAsused to express structural and accessory proteins. Long-read sequencing technologies such as nanopore direct RNA sequencing can recover full-length transcripts, greatly simplifying the assembly of structurally complex RNAs. However, these techniques do not detect the 5′ cap, thus preventing reliable identification and quantification of full-length, coding transcript models. Here we used Nanopore ReCappable Sequencing (NRCeq), a new technique that can identify capped full-length RNAs, to assemble a complete annotation of SARS-CoV-2 sgRNAs and annotate the location of capping sites across the viral genome. We obtained robust estimates of sgRNA expression across cell lines and viral isolates and identified novel canonical and non-canonical sgRNAs, including one that uses a previously un-annotated leader-to-body junction site. The data generated in this work constitute a useful resource for the scientific community and provide important insights into the mechanisms that regulate the transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs.
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DOI：
10.1126/science.abd3072
发表时间：
2020-11-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Daly JL;Simonetti B;Klein K;Chen KE;Williamson MK;Antón-Plágaro C;Shoemark DK;Simón-Gracia L;Bauer M;Hollandi R;Greber UF;Horvath P;Sessions RB;Helenius A;Hiscox JA;Teesalu T;Matthews DA;Davidson AD;Collins BM;Cullen PJ;Yamauchi Y
通讯作者：
Yamauchi Y
DOI：
10.1261/rna.078703.121
发表时间：
2022-03
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mulroney L;Wulf MG;Schildkraut I;Tzertzinis G;Buswell J;Jain M;Olsen H;Diekhans M;Corrêa IR Jr;Akeson M;Ettwiller L
通讯作者：
Ettwiller L
影响因子：
14.9
作者：
Ibrahim F;Oppelt J;Maragkakis M;Mourelatos Z
通讯作者：
Mourelatos Z
DOI：
10.1099/jgv.0.001453
发表时间：
2020-09
期刊：
The Journal of general virology
影响因子：
--
作者：
Ogando NS;Dalebout TJ;Zevenhoven-Dobbe JC;Limpens RWAL;van der Meer Y;Caly L;Druce J;de Vries JJC;Kikkert M;Bárcena M;Sidorov I;Snijder EJ
通讯作者：
Snijder EJ
影响因子：
5.4
作者：
LAI, MMC;PATTON, CD;STOHLMAN, SA
通讯作者：
STOHLMAN, SA