Ancestry informative markers for distinguishing between Thai populations based on genome-wide association datasets.
Ancestry informative markers for distinguishing between Thai populations based on genome-wide association datasets.
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祖先的信息标记是针对基于全基因组关联数据集区分泰国人群的。
DOI：
10.1016/j.legalmed.2015.02.004
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发表时间：
2015-07
期刊：
影响因子：
1.5
通讯作者：
Gelernter, Joel
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vongpaisarnsin, Komkiat;Listman, Jennifer Beth;Malison, Robert T.;Gelernter, Joel
这项工作的主要目的是从高通量常染色体全基因组关联研究中确定一组 AIM，对泰国人群的遗传结构和多样性进行分层。在这项研究中，对国际 HapMap 数据库和泰国抑郁症全基因组关联研究中超过 100 万个 SNP 进行了检查，以确定区分泰国人群的祖先信息标记 (AIM)。提出了一种有效的策略来识别和表征此类 SNP，并测试来自国际 HapMap 群体的高分辨率 SNP 数据。确定最好的 AIM 来对人群进行分层并推断遗传祖先结构。总共 124 个 AIM 在地理上明显聚集在整个大陆，而只有 89 个 AIM 将泰国人口与东亚人口进行了分层。最后，一组 273 个 AIM 能够区分泰国北部和南部亚人群。这些标记对于识别自我报告匹配不可用或不可靠的地区的种族起源具有特别的价值，这通常发生在真实的法医案件中。
The main purpose of this work was to identify a set of AIMs that stratify the genetic structure and diversity of the Thai population from a high-throughput autosomal genome-wide association study. In this study, more than one million SNPs from the International HapMap database and the Thai depression genome-wide association study have been examined to identify ancestry informative markers (AIMs) that distinguish between Thai populations. An efficient strategy is proposed to identify and characterize such SNPs and to test high-resolution SNP data from international HapMap populations. The best AIMs are identified to stratify the population and to infer genetic ancestry structure. A total of 124 AIMs were clearly clustered geographically across the continent, whereas only 89 AIMs stratified the Thai population from East Asian populations. Finally, a set of 273 AIMs was able to distinguish northern from southern Thai subpopulations. These markers will be of particular value in identifying the ethnic origins in regions where matching by self-reports is unavailable or unreliable, which usually occurs in real forensic cases.
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影响因子：
3.9
作者：
Kosoy, Roman;Nassir, Rami;Tian, Chao;White, Phoebe A.;Butler, Lesley M.;Silva, Gabriel;Kittles, Rick;Alarcon-Riquelme, Marta E.;Gregersen, Peter K.;Belmont, John W.;De La Vega, Francisco M.;Seldin, Michael F.
通讯作者：
Seldin, Michael F.
DOI：
10.1186/2041-2223-2-1
发表时间：
2011-01-05
期刊：
Investigative genetics
影响因子：
--
作者：
Kidd JR;Friedlaender FR;Speed WC;Pakstis AJ;De La Vega FM;Kidd KK
通讯作者：
Kidd KK
影响因子：
4.4
作者：
Pemberton TJ;Sandefur CI;Jakobsson M;Rosenberg NA
通讯作者：
Rosenberg NA
影响因子：
9.8
作者：
Bauchet, Marc;McEvoy, Brian;Shriver, Mark D.
通讯作者：
Shriver, Mark D.
影响因子：
2.1
作者：
Amigo, Jorge;Phillips, Christopher;Carracedo, Angel
通讯作者：
Carracedo, Angel