dbCAN-seq update: CAZyme gene clusters and substrates in microbiomes.
dbCAN-seq update: CAZyme gene clusters and substrates in microbiomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkac1068
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yin, Yanbin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng, Jinfang;Hu, Boyang;Zhang, Xinpeng;Ge, Qiwei;Yan, Yuchen;Akresi, Jerry;Piyush, Ved;Huang, Le;Yin, Yanbin
碳水化合物活性酶（CAZymes）对于微生物群落在富含碳水化合物的环境（如动物肠道、农业土壤、森林地面和海洋沉积物）中的繁荣是非常重要的。自2017年以来，微生物组测序和组装已经产生了许多宏基因组组装基因组（MAG）。我们更新了dbCAN-seq数据库（https：//bcb.unl.edu/dbCAN_seq），以包括以下新数据和特征：（i）来自四个生态系统的9421个MAG的498 000个CAZyme和169 000个CAZyme基因簇（CGC），（人类肠道、人类口腔、牛瘤胃和海洋）环境;（ii）聚糖底物41 447（24.54%）通过两种新方法推断的CGC（dbCAN-PUL同源性搜索和eCAMI亚家族多数表决）（两个方案商定了4183个CGC用于基质分配）;（iii）重新设计CGC网页，以图形显示CGC基因组成，查询CGC和主题PUL对齐（多糖利用位点）和eCAMI亚家族表来支持预测的底物;（iv）一个统计页面，根据底物和分类门组织所有数据，便于CGC访问;以及（v）一个批量下载页面。总之，这个更新的dbCAN-seq数据库突出了从微生物组预测的CGC的聚糖底物。未来的工作将实现在我们的dbCAN 2网络服务器的基板预测功能。
Carbohydrate Active EnZymes (CAZymes) are significantly important for microbial communities to thrive in carbohydrate rich environments such as animal guts, agricultural soils, forest floors, and ocean sediments. Since 2017, microbiome sequencing and assembly have produced numerous metagenome assembled genomes (MAGs). We have updated our dbCAN-seq database (https://bcb.unl.edu/dbCAN_seq) to include the following new data and features: (i) ∼498 000 CAZymes and ∼169 000 CAZyme gene clusters (CGCs) from 9421 MAGs of four ecological (human gut, human oral, cow rumen, and marine) environments; (ii) Glycan substrates for 41 447 (24.54%) CGCs inferred by two novel approaches (dbCAN-PUL homology search and eCAMI subfamily majority voting) (the two approaches agreed on 4183 CGCs for substrate assignments); (iii) A redesigned CGC page to include the graphical display of CGC gene compositions, the alignment of query CGC and subject PUL (polysaccharide utilization loci) of dbCAN-PUL, and the eCAMI subfamily table to support the predicted substrates; (iv) A statistics page to organize all the data for easy CGC access according to substrates and taxonomic phyla; and (v) A batch download page. In summary, this updated dbCAN-seq database highlights glycan substrates predicted for CGCs from microbiomes. Future work will implement the substrate prediction function in our dbCAN2 web server.
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DOI：
10.1073/pnas.1916224116
发表时间：
2019-12-17
影响因子：
11.1
作者：
Zheng, Hao;Perreau, Julie;Moran, Nancy A.
通讯作者：
Moran, Nancy A.
影响因子：
14.9
作者：
Chen IA;Chu K;Palaniappan K;Pillay M;Ratner A;Huang J;Huntemann M;Varghese N;White JR;Seshadri R;Smirnova T;Kirton E;Jungbluth SP;Woyke T;Eloe-Fadrosh EA;Ivanova NN;Kyrpides NC
通讯作者：
Kyrpides NC
影响因子：
28.3
作者：
Diamond, Spencer;Andeer, Peter F.;Banfield, Jillian F.
通讯作者：
Banfield, Jillian F.
影响因子：
14.9
作者：
Mitchell, Alex L.;Almeida, Alexandre;Finn, Robert D.
通讯作者：
Finn, Robert D.
影响因子：
64.5
作者：
Wastyk, Hannah C.;Fragiadakis, Gabriela K.;Perelman, Dalia;Dahan, Dylan;Merrill, Bryan D.;Yu, Feiqiao B.;Topf, Madeline;Gonzalez, Carlos G.;Van Treuren, William;Han, Shuo;Robinson, Jennifer L.;Elias, Joshua E.;Sonnenburg, Erica D.;Gardner, Christopher D.;Sonnenburg, Justin L.
通讯作者：
Sonnenburg, Justin L.