IMG/M v.5.0: an integrated data management and comparative analysis system for microbial genomes and microbiomes.
IMG/M v.5.0: an integrated data management and comparative analysis system for microbial genomes and microbiomes.
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DOI：
10.1093/nar/gky901
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kyrpides NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen IA;Chu K;Palaniappan K;Pillay M;Ratner A;Huang J;Huntemann M;Varghese N;White JR;Seshadri R;Smirnova T;Kirton E;Jungbluth SP;Woyke T;Eloe-Fadrosh EA;Ivanova NN;Kyrpides NC
整合微生物基因组和微生物组系统v.5.0（IMG/M：https：//img.jgi.doe.gov/m/）包含注释数据集，分类为：古细菌，细菌，真核生物，质粒，病毒，基因组片段，宏基因组，细胞富集，单颗粒分类和元转录组。源数据集包括由美国能源部联合基因组研究所（JGI）生成的数据集，由外部科学家提交的数据集，或从公共序列数据档案馆（如NCBI）收集的数据集。所有提交通常通过IMG注释管道进行处理，然后加载到IMG数据仓库中。IMG的网络用户界面提供了多种分析和可视化工具，用于IMG中分离基因组和宏基因组的比较分析。IMG/M允许开放访问IMG数据仓库中的所有公共基因组，而其专家审查（ER）系统（IMG/MER：https：//img.jgi.doe.gov/mer/）允许注册用户访问其私人基因组并将其私人数据集存储在工作空间中以供共享和进一步分析。自2017年NAR Database Issue发布的上一份报告以来，IMG/M的数据内容增长了60%。IMG/M v.5.0具有新的更强大的基因组搜索功能，新的统计工具，并支持宏基因组分箱。
The Integrated Microbial Genomes & Microbiomes system v.5.0 (IMG/M: https://img.jgi.doe.gov/m/) contains annotated datasets categorized into: archaea, bacteria, eukarya, plasmids, viruses, genome fragments, metagenomes, cell enrichments, single particle sorts, and metatranscriptomes. Source datasets include those generated by the DOE’s Joint Genome Institute (JGI), submitted by external scientists, or collected from public sequence data archives such as NCBI. All submissions are typically processed through the IMG annotation pipeline and then loaded into the IMG data warehouse. IMG’s web user interface provides a variety of analytical and visualization tools for comparative analysis of isolate genomes and metagenomes in IMG. IMG/M allows open access to all public genomes in the IMG data warehouse, while its expert review (ER) system (IMG/MER: https://img.jgi.doe.gov/mer/) allows registered users to access their private genomes and to store their private datasets in workspace for sharing and for further analysis. IMG/M data content has grown by 60% since the last report published in the 2017 NAR Database Issue. IMG/M v.5.0 has a new and more powerful genome search feature, new statistical tools, and supports metagenome binning.
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影响因子：
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作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
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Caspi R;Billington R;Ferrer L;Foerster H;Fulcher CA;Keseler IM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Ong Q;Paley S;Subhraveti P;Weaver DS;Karp PD
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Finn RD;Clements J;Arndt W;Miller BL;Wheeler TJ;Schreiber F;Bateman A;Eddy SR
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