EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats.
EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt113
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发表时间：
2013-05-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rice P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ison J;Kalas M;Jonassen I;Bolser D;Uludag M;McWilliam H;Malone J;Lopez R;Pettifer S;Rice P
动机：推进生物信息学工具和资源的搜索、出版和整合需要一致的机器可理解的描述。因此，需要一个全面的本体论来允许这样的描述。结果：EDAM是关于生物信息学操作(工具或工作流程功能)、数据类型和识别符、应用领域和数据格式的本体。EDAM支持不同实体的语义注释，如生物信息学中的Web服务、数据库、程序库、独立工具、交互应用程序、数据模式、数据集和出版物。EDAM适用于组织和查找合适的工具和数据，并自动将它们集成到复杂的应用程序或工作流中。它包括2200多个已定义的概念，并已成功地用于注释和实现。可用性：最新稳定版本的EDAM可以从http://edamontology.org/EDAM.owl获得OWL格式，也可以从http://edamontology.org/EDAM.obo.获得OBO格式它可以在NCBO生物门户网站和EBI Ontology Lookup Service在线查看。有关文档和许可证，请访问http://edamontology.org.本文描述了http://edamontology.org/EDAM_1.2.owl.上提供的1.2版联系方式：jison@ebi.ac.uk
Motivation: Advancing the search, publication and integration of bioinformatics tools and resources demands consistent machine-understandable descriptions. A comprehensive ontology allowing such descriptions is therefore required. Results: EDAM is an ontology of bioinformatics operations (tool or workflow functions), types of data and identifiers, application domains and data formats. EDAM supports semantic annotation of diverse entities such as Web services, databases, programmatic libraries, standalone tools, interactive applications, data schemas, datasets and publications within bioinformatics. EDAM applies to organizing and finding suitable tools and data and to automating their integration into complex applications or workflows. It includes over 2200 defined concepts and has successfully been used for annotations and implementations. Availability: The latest stable version of EDAM is available in OWL format from http://edamontology.org/EDAM.owl and in OBO format from http://edamontology.org/EDAM.obo. It can be viewed online at the NCBO BioPortal and the EBI Ontology Lookup Service. For documentation and license please refer to http://edamontology.org. This article describes version 1.2 available at http://edamontology.org/EDAM_1.2.owl. Contact: jison@ebi.ac.uk
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影响因子：
14.9
作者：
Galperin MY;Fernández-Suárez XM
通讯作者：
Fernández-Suárez XM
DOI：
10.1101/sqb.2003.68.227
发表时间：
2003-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Ashburner, M;Mungall, CJ;Lewis, SE
通讯作者：
Lewis, SE
影响因子：
3
作者：
Han MV;Zmasek CM
通讯作者：
Zmasek CM
影响因子：
4.4
作者：
Kallio MA;Tuimala JT;Hupponen T;Klemelä P;Gentile M;Scheinin I;Koski M;Käki J;Korpelainen EI
通讯作者：
Korpelainen EI
影响因子：
5.8
作者：
Kalas, Matus;Puntervoll, Pal;Jonassen, Inge
通讯作者：
Jonassen, Inge