Large scale library generation for high throughput sequencing.
Large scale library generation for high throughput sequencing.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0019119
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发表时间：
2011-04-27
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Lundeberg J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Borgström E;Lundin S;Lundeberg J
最近已经做出了很大的努力来自动化用于大规模并行测序的样品制备方案，以便匹配不断增加的仪器通量。然而，通过琼脂糖凝胶电泳分离的大小选择是这些方案的劳动密集型瓶颈。在这项研究中，提出了一种用于液体处理机器人上的自动库制备和尺寸选择的方法。该方法利用一定大小的DNA分子选择性沉淀到顺磁珠上，用于标准酶促反应后的净化和选择。该方法用于在Illumina HiSeq 2000仪器上生成用于从头测序和重新测序的文库，每个仪器在约4小时内的通量为12个样品。所得输出数据显示质量分数和过滤通过率与手动制备的样品相当。样品大小分布可以针对每个应用进行调整，并且适用于寻求控制大小间隔的所有高通量DNA处理方案。
Large efforts have recently been made to automate the sample preparation protocols for massively parallel sequencing in order to match the increasing instrument throughput. Still, the size selection through agarose gel electrophoresis separation is a labor-intensive bottleneck of these protocols. In this study a method for automatic library preparation and size selection on a liquid handling robot is presented. The method utilizes selective precipitation of certain sizes of DNA molecules on to paramagnetic beads for cleanup and selection after standard enzymatic reactions. The method is used to generate libraries for de novo and re-sequencing on the Illumina HiSeq 2000 instrument with a throughput of 12 samples per instrument in approximately 4 hours. The resulting output data show quality scores and pass filter rates comparable to manually prepared samples. The sample size distribution can be adjusted for each application, and are suitable for all high throughput DNA processing protocols seeking to control size intervals.
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影响因子：
--
作者：
Farias-Hesson E;Erikson J;Atkins A;Shen P;Davis RW;Scharfe C;Pourmand N
通讯作者：
Pourmand N
影响因子：
4.5
作者：
Pelak K;Shianna KV;Ge D;Maia JM;Zhu M;Smith JP;Cirulli ET;Fellay J;Dickson SP;Gumbs CE;Heinzen EL;Need AC;Ruzzo EK;Singh A;Campbell CR;Hong LK;Lornsen KA;McKenzie AM;Sobreira NL;Hoover-Fong JE;Milner JD;Ottman R;Haynes BF;Goedert JJ;Goldstein DB
通讯作者：
Goldstein DB
影响因子：
30.8
作者：
Li, Yingrui;Vinckenbosch, Nicolas;Wang, Jun
通讯作者：
Wang, Jun
影响因子：
3.7
作者：
Lundin, Sverker;Stranneheim, Henrik;Lundeberg, Joakim
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
影响因子：
12.3
作者：
Lennon NJ;Lintner RE;Anderson S;Alvarez P;Barry A;Brockman W;Daza R;Erlich RL;Giannoukos G;Green L;Hollinger A;Hoover CA;Jaffe DB;Juhn F;McCarthy D;Perrin D;Ponchner K;Powers TL;Rizzolo K;Robbins D;Ryan E;Russ C;Sparrow T;Stalker J;Steelman S;Weiand M;Zimmer A;Henn MR;Nusbaum C;Nicol R
通讯作者：
Nicol R