Semi-automated library preparation for high-throughput DNA sequencing platforms.
Semi-automated library preparation for high-throughput DNA sequencing platforms.
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DOI：
10.1155/2010/617469
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发表时间：
2010
影响因子：
--
通讯作者：
Pourmand N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Farias-Hesson E;Erikson J;Atkins A;Shen P;Davis RW;Scharfe C;Pourmand N
下一代测序平台是强大的技术，在单次运行中提供千兆字节的遗传信息。高通量DNA测序的一个重要先决条件是开发健壮且经济高效的DNA样本库构建预处理方案。在这里，我们报告了一种半自动样品制备方案的发展，以产生适配器连接的片段库。使用液体处理机器人结合羧基端接磁珠，我们使用独特的6 bp DNA条形码标记每个文库样本，这允许使用应用生物系统公司的SOLiD测序仪在单次运行中对32个文库进行多重样品处理和测序。我们将我们的半自动管道应用于线粒体疾病影响个体的核候选基因的靶向医学重测序。这种新方法能够在2.01天（8小时工作日）内制备多达32个DNA文库，用于乳液PCR/高通量DNA测序，将样品制备产量提高8倍。
Next-generation sequencing platforms are powerful technologies, providing gigabases of genetic information in a single run. An important prerequisite for high-throughput DNA sequencing is the development of robust and cost-effective preprocessing protocols for DNA sample library construction. Here we report the development of a semi-automated sample preparation protocol to produce adaptor-ligated fragment libraries. Using a liquid-handling robot in conjunction with Carboxy Terminated Magnetic Beads, we labeled each library sample using a unique 6 bp DNA barcode, which allowed multiplex sample processing and sequencing of 32 libraries in a single run using Applied Biosystems' SOLiD sequencer. We applied our semi-automated pipeline to targeted medical resequencing of nuclear candidate genes in individuals affected by mitochondrial disorders. This novel method is capable of preparing as much as 32 DNA libraries in 2.01 days (8-hour workday) for emulsion PCR/high throughput DNA sequencing, increasing sample preparation production by 8-fold.
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影响因子：
48
作者：
Cloonan, Nicole;Forrest, Alistair R. R.;Grimmond, Sean M.
通讯作者：
Grimmond, Sean M.
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Lennon NJ;Lintner RE;Anderson S;Alvarez P;Barry A;Brockman W;Daza R;Erlich RL;Giannoukos G;Green L;Hollinger A;Hoover CA;Jaffe DB;Juhn F;McCarthy D;Perrin D;Ponchner K;Powers TL;Rizzolo K;Robbins D;Ryan E;Russ C;Sparrow T;Stalker J;Steelman S;Weiand M;Zimmer A;Henn MR;Nusbaum C;Nicol R
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Nicol R
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Klevebring D;Gry M;Lindberg J;Eidefors A;Lundeberg J
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