Disentangling primer interactions improves SARS-CoV-2 genome sequencing by multiplex tiling PCR.
Disentangling primer interactions improves SARS-CoV-2 genome sequencing by multiplex tiling PCR.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0239403
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kuroda M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Itokawa K;Sekizuka T;Hashino M;Tanaka R;Kuroda M
自2019年12月以来，由新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的2019冠状病毒病（COVID-19）已迅速蔓延到世界上几乎每个国家。在流行病学家认识到这一大流行后不久，组成ARTIC网络的一组生物学家设计了一种多重聚合酶链反应（PCR）方案和引物组，用于靶向SARS-CoV-2的全基因组扩增。ARTIC引物组扩增98个扩增子，这些扩增子仅在两个PCR中分离，跨越几乎整个病毒基因组。当使用病毒载量相对较高的临床样本时，原始引物组和方案显示出相当小的扩增偏倚。然而，随着样品的病毒载量变低，观察到几种扩增子的丰度快速下降。在这份报告中，我们将表明，二聚体的形成之间的一些引物的覆盖偏差的主要原因在多重PCR。在此基础上，我们提出了12个替代引物在ARTIC引物组，预计将参与14个引物相互作用。与ARTIC网络的原始（V1）和修改的（V3）引物组相比，所得到的引物组版本N1（NIID-1）表现出改善的总体覆盖率。
Since December 2019, the coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by a novel coronavirus SARS-CoV-2 has rapidly spread to almost every nation in the world. Soon after the pandemic was recognized by epidemiologists, a group of biologists comprising the ARTIC Network, has devised a multiplexed polymerase chain reaction (PCR) protocol and primer set for targeted whole-genome amplification of SARS-CoV-2. The ARTIC primer set amplifies 98 amplicons, which are separated only in two PCRs, across a nearly entire viral genome. The original primer set and protocol showed a fairly small amplification bias when clinical samples with relatively high viral loads were used. However, as sample’s viral load become low, rapid decrease in abundances of several amplicons were seen. In this report, we will show that dimer formations between some primers are the major cause of coverage bias in the multiplex PCR. Based on this, we propose 12 alternative primers in total in the ARTIC primer set that were predicted to be involved in 14 primer interactions. The resulting primer set, version N1 (NIID-1), exhibits improved overall coverage compared to the ARTIC Network’s original (V1) and modified (V3) primer set.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
DOI：
10.1038/nrg.2017.88
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Gardy JL;Loman NJ
通讯作者：
Loman NJ
影响因子：
2.1
作者：
Cickovski, Trevor;Aras, Kedar;Newman, Stuart A.
通讯作者：
Newman, Stuart A.
影响因子：
14.9
作者：
McCarthy DJ;Chen Y;Smyth GK
通讯作者：
Smyth GK
影响因子：
5.8
作者：
Hadfield, James;Megill, Colin;Neher, Richard A.
通讯作者：
Neher, Richard A.