Dissection of DNA damage responses using multiconditional genetic interaction maps.
Dissection of DNA damage responses using multiconditional genetic interaction maps.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2012.11.023
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发表时间：
2013-01-24
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
van Attikum H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guénolé A;Srivas R;Vreeken K;Wang ZZ;Wang S;Krogan NJ;Ideker T;van Attikum H
为了保护基因组，细胞已经进化出一套不同的途径，旨在感知，信号和修复多种类型的DNA损伤。为了评估这些途径之间的协调和串扰程度，我们系统地绘制了细胞遗传网络在一组不同DNA损伤剂中的变化，导致约1，800，000个差异测量。每种药物都与一种独特的相互作用模式相关，与单突变表型或基因表达数据不同，这种模式具有很高的统计能力来确定工作中的特定修复机制。试剂特异性网络揭示了组蛋白乙酰转移酶Rtt109在DNA损伤的诱变旁路和细胞周期调节和基因组稳定性中的neddylation机制中的作用，而由多种试剂诱导的网络涉及Irc21，一种未表征的蛋白质，在检查点控制和DNA修复中。我们的多条件遗传相互作用图提供了一个独特的资源，确定代理特定的和一般的DNA损伤反应途径。
To protect the genome, cells have evolved a diverse set of pathways designed to sense, signal, and repair multiple types of DNA damage. To assess the degree of coordination and crosstalk among these pathways, we systematically mapped changes in the cell's genetic network across a panel of different DNA-damaging agents, resulting in ~1,800,000 differential measurements. Each agent was associated with a distinct interaction pattern, which, unlike single-mutant phenotypes or gene expression data, has high statistical power to pinpoint the specific repair mechanisms at work. The agent-specific networks revealed roles for the histone acetyltranferase Rtt109 in the mutagenic bypass of DNA lesions and the neddylation machinery in cell-cycle regulation and genome stability, while the network induced by multiple agents implicates Irc21, an uncharacterized protein, in checkpoint control and DNA repair. Our multiconditional genetic interaction map provides a unique resource that identifies agent-specific and general DNA damage response pathways.
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影响因子：
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通讯作者：
Cimprich, Karlene A.
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