Human DNA sequence variation in a 6.6-kb region containing the melanocortin 1 receptor promoter.
Human DNA sequence variation in a 6.6-kb region containing the melanocortin 1 receptor promoter.
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包含黑皮质素 1 受体启动子的 6.6 kb 区域中的人类 DNA 序列变异。
DOI：
10.1093/genetics/158.3.1253
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Li,WH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Makova,KD;Ramsay,M;Jenkins,T;Li,WH
在 54 名人类（18 名非洲人、18 名亚洲人和 18 名欧洲人）以及 1 名黑猩猩、大猩猩和猩猩中对位于黑皮质素 1 受体 (MC1R) 基因上游并包含其启动子的约 6.6 kb 区域进行了测序。在人类序列中发现了76个多态性位点，平均核苷酸多样性（π）为0.141%，是所有人类核序列变异研究中最高的之一。与 MC1R 编码区中观察到的模式相反，在当前区域中，与亚洲人 (0.116%) 和欧洲人 (0.122%) 相比，非洲人 (0.136%) 的 π 最高。 π、θ 以及 Fu 和 Li 的 F 统计量沿序列和大陆之间的分布是不均匀的。遗传变异的模式与非洲人的人口扩张是一致的。我们还建议可能阶段减少非非洲人的人口规模，并在非洲人的中部次区域和 5' 次区域的部分地区进行纯化选择。我们假设多样化选择作用于亚洲人和欧洲人的 5' 和 3' 亚区或 MC1R 编码区的某些位点，但我们不能拒绝亚洲人和欧洲人的 MC1R 基因功能限制放松的可能性。测序区域的突变率为每年每个位点1.65×10—9。该区域最近共同祖先的年龄与迄今为止研究的其他长非编码区域的年龄相似，为古代基因谱系提供了证据。我们的群体筛选和系统发育足迹表明 MC1R 启动子功能的潜在重要位点。
An ∼6.6-kb region located upstream from the melanocortin 1 receptor (MC1R) gene and containing its promoter was sequenced in 54 humans (18 Africans, 18 Asians, and 18 Europeans) and in one chimpanzee, gorilla, and orangutan. Seventy-six polymorphic sites were found among the human sequences and the average nucleotide diversity (π) was 0.141%, one of the highest among all studies of nuclear sequence variation in humans. Opposite to the pattern observed in the MC1R coding region, in the present region π is highest in Africans (0.136%) compared to Asians (0.116%) and Europeans (0.122%). The distributions of π, θ, and Fu and Li'sF-statistic are nonuniform along the sequence and among continents. The pattern of genetic variation is consistent with a population expansion in Africans. We also suggest a possible phase of population size reduction in non-Africans and purifying selection acting in the middle subregion and parts of the 5′ subregion in Africans. We hypothesize diversifying selection acting on some sites in the 5′ and 3′ subregions or in the MC1R coding region in Asians and Europeans, though we cannot reject the possibility of relaxation of functional constraints in the MC1R gene in Asians and Europeans. The mutation rate in the sequenced region is 1.65 × 10—9per site per year. The age of the most recent common ancestor for this region is similar to that for the other long noncoding regions studied to date, providing evidence for ancient gene genealogies. Our population screening and phylogenetic footprinting suggest potentially important sites for the MC1R promoter function.
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