Performance of ZDOCK in CAPRI rounds 20-26.
Performance of ZDOCK in CAPRI rounds 20-26.
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DOI：
10.1002/prot.24432
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发表时间：
2013-12
影响因子：
2.9
通讯作者：
Weng, Zhiping
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vreven, Thom;Pierce, Brian G.;Hwang, Howook;Weng, Zhiping
我们报告了我们的方法在卡普里第20-26轮中用于蛋白质-蛋白质对接和界面分析的性能。在我们的管道的核心是ZDOCK程序的刚体蛋白质蛋白质对接。然后，我们使用ZRANK或IRAD评分函数对ZDOCK预测进行重新排序，使用聚类修剪和分析能量景观，并使用我们的接口预测方法RCF分析对接结果。在可能的情况下，我们使用文献中的生物信息在ZDOCK运行期间或之后对搜索空间施加约束。对于大约一半的标准对接挑战，我们至少做出了一个可以接受或更好的预测。对于得分挑战，除了一个目标之外，我们对所有目标都进行了可接受或更好的预测。这表明我们的评分函数通常能够选择正确的绑定模式。
We report the performance of our approaches for protein-protein docking and interface analysis in CAPRI rounds 20–26. At the core of our pipeline was the ZDOCK program for rigid-body protein-protein docking. We then reranked the ZDOCK predictions using the ZRANK or IRAD scoring functions, pruned and analyzed energy landscapes using clustering, and analyzed the docking results using our interface prediction approach RCF. When possible, we used biological information from the literature to apply constraints to the search space during or after the ZDOCK runs. For approximately half of the standard docking challenges we made at least one prediction that was acceptable or better. For the scoring challenges we made acceptable or better predictions for all but one target. This indicates that our scoring functions are generally able to select the correct binding mode.
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影响因子：
2.9
作者：
Haidar, Jaafar N.;Pierce, Brian;Weng, Zhiping
通讯作者：
Weng, Zhiping
影响因子：
2.9
作者：
Hwang, Howook;Vreven, Thom;Pierce, Brian G.;Hung, Jui-Hung;Weng, Zhiping
通讯作者：
Weng, Zhiping
影响因子：
5.6
作者：
Gray, JJ;Moughon, S;Baker, D
通讯作者：
Baker, D
DOI：
10.1073/pnas.0807948105
发表时间：
2008-12-09
影响因子：
11.1
作者：
Bailey, Lucas J.;Mccoy, Jason G.;Fox, Brian G.
通讯作者：
Fox, Brian G.
影响因子：
5.6
作者：
Fernández-Recio, J;Totrov, M;Abagyan, R
通讯作者：
Abagyan, R