Performance of ZDOCK and ZRANK in CAPRI rounds 13-19.
Performance of ZDOCK and ZRANK in CAPRI rounds 13-19.
复制标题
DOI：
10.1002/prot.22764
复制
发表时间：
2010-11-15
影响因子：
2.9
通讯作者：
Weng, Zhiping
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hwang, Howook;Vreven, Thom;Pierce, Brian G.;Hung, Jui-Hung;Weng, Zhiping
我们在CAPRI第13-19轮中报告了ZDOCK和ZRANK算法的性能，并引入了一种新的测量原子接触频率（ACF）。为了计算ACF，我们在每个目标的完整ZDOCK预测集中识别最常与结合伙伴接触的残基。我们使用ACF来预测蛋白质的界面，结合文献中可用的生物学数据，这是我们对接管道的一个有价值的补充。此外，我们结合了一个简单有效的聚类算法，有两个目的：1)确定相似对接姿态的聚类（对应于能量漏斗），以及2)从最终预测集中去除冗余。有了这些新进展，我们对目标29和36至少实现了一个可接受的预测，对目标41和42至少实现了一个中等质量的预测，对目标37和40至少实现了一个高质量的预测；因此，我们成功了12个目标中的6个。
We report the performance of the ZDOCK and ZRANK algorithms in CAPRI rounds 13-19, and introduce a novel measure Atom Contact Frequency (ACF). To compute ACF, we identify the residues that most often make contact with the binding partner in the complete set of ZDOCK predictions for each target. We used ACF to predict the interface of the proteins, which in combination with biological data available in the literature, is a valuable addition to our docking pipeline. Furthermore, we incorporated a straightforward and efficient clustering algorithm with two purposes: 1) to determine clusters of similar docking poses (corresponding to energy funnels), and 2) to remove redundancies from the final set of predictions. With these new developments, we achieved at least one acceptable prediction for targets 29 and 36, at least one medium quality prediction for targets 41 and 42, and at least one high quality prediction for targets 37 and 40; thus we succeded for six out of a total of 12 targets.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Fanelli, F;Ferrari, S
通讯作者：
Ferrari, S
影响因子：
5.6
作者：
Micheelsen, Pernille Ollendorff;Vevodova, Jitka;Skjot, Michael
通讯作者：
Skjot, Michael
影响因子：
2.9
作者：
Chen, R;Li, L;Weng, ZP
通讯作者：
Weng, ZP
DOI：
10.1073/pnas.0400189101
发表时间：
2004-03-23
影响因子：
11.1
作者：
Das, K;Acton, T;Montelione, GT
通讯作者：
Montelione, GT
影响因子：
2.9
作者：
Li, W;Hamill, SJ;Kleanthous, C
通讯作者：
Kleanthous, C