Role of ion valence in the submillisecond collapse and folding of a small RNA domain.
Role of ion valence in the submillisecond collapse and folding of a small RNA domain.
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DOI：
10.1021/bi3016636
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发表时间：
2013-03-05
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Pollack L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pabit SA;Sutton JL;Chen H;Pollack L
在添加离子以触发折叠之后，RNA分子从刚性的延伸状态转变为紧凑的系综。确定这种折叠的时间尺度为静电对RNA折叠的贡献提供了重要的见解;然而，将纯粹非特异性折叠的影响（例如，由于骨架电荷补偿而产生的松弛）与同时形成的一些三级接触隔离开来可能具有挑战性。为了解决这个问题，我们使用单个点突变将非特异性折叠与三级折叠解耦，以消除称为TP 5abc的小RNA亚结构域中的三级接触。具有微秒时间分辨率和FRET检测的微流体混合提供了对从扩展到紧凑集合的离子强度依赖性转变的洞察。反应速率的差异被检测到折叠时，由单价或二价离子，与平衡测量，说明在相同的离子强度的二价离子相对于单价离子的增强筛选一致。离子驱动的崩溃是快速的，野生型和突变体TP 5ABC的崩溃时间的比较表明，Mg 2+的位点结合发生在亚毫秒的时间尺度上。
Following the addition of ions to trigger folding, RNA molecules transition from rigid, extended states to a compact ensemble. Determining the time scale for this collapse provides important insights into electrostatic contributions to RNA folding; however it can be challenging to isolate the effects of purely non-specific collapse, e.g. relaxation due to backbone charge compensation, from the concurrent formation of some tertiary contacts. To solve this problem, we decoupled non-specific collapse from tertiary folding using a single point mutation to eliminate tertiary contacts in the small RNA subdomain known as tP5abc. Microfluidic mixing with microsecond time resolution and FRET detection provides insight into the ionic strength dependent transition from extended to compact ensembles. Differences in reaction rates are detected when folding is initiated by monovalent or divalent ions, consistent with equilibrium measurements illustrating the enhanced screening of divalent ions relative to monovalent ions at the same ionic strength. Ion-driven collapse is fast and a comparison of the collapse time of the wild type and mutant tP5abc suggests that site binding of Mg2+ occurs on submillisecond time scales.
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影响因子：
14.9
作者：
Koculi E;Cho SS;Desai R;Thirumalai D;Woodson SA
通讯作者：
Woodson SA
DOI：
10.1073/pnas.1119057109
发表时间：
2012-01-17
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Huimin;Meisburger, Steve P.;Pollack, Lois
通讯作者：
Pollack, Lois
影响因子：
15
作者：
Koculi, Eda;Hyeon, Changbong;Woodson, Sarah A.
通讯作者：
Woodson, Sarah A.
DOI：
10.1038/nsb0797-553
发表时间：
1997-07-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Cate, JH;Hanna, RL;Doudna, JA
通讯作者：
Doudna, JA
影响因子：
4.4
作者：
Lee, N;Thirumalai, D
通讯作者：
Thirumalai, D