Non-additive genetic components contribute significantly to population-wide gene expression variation.
Non-additive genetic components contribute significantly to population-wide gene expression variation.
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非加性遗传成分对群体范围内的基因表达变异有显着影响。
DOI：
10.1101/2023.07.21.550013
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hou,Jing
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsouris,Andreas;Brach,Gauthier;Schacherer,Joseph;Hou,Jing
基因表达变异是基因型和表型之间的一个重要步骤，受局部（顺式）和远端（反式）调控变化的共同控制。然而，这些调控元件如何差异影响基因表达变异仍不清楚。在这里，我们通过分析一个大的差异组的转录组弥合了这一差距，该差异组由323个独特的杂交种组成，这些杂交种来自遗传上不同的Saccharomyces gallaeisolates。我们对5，087个转录本丰度性状的分析表明，非加性成分平均占基因表达方差的36%。通过比较亲本-杂种三代中等位基因特异性读数，我们发现群体中大多数基因表达变异的基础是反式调节变化。值得注意的是，大多数顺式调节变异也会被额外的反式效应放大或减弱。总的来说，我们发现转录组在遗传水平上是全局缓冲的，这主要是由于群体中的反式调节变异。
Gene expression variation, an essential step between genotype and phenotype, is collectively controlled by local (cis) and distant (trans) regulatory changes. Nevertheless, how these regulatory elements differentially influence gene expression variation remains unclear. Here, we bridge this gap by analyzing the transcriptomes of a large diallel panel consisting of 323 unique hybrids originating from genetically divergentSaccharomyces cerevisiaeisolates. Our analysis across 5,087 transcript abundance traits showed that non-additive components account for 36% of the gene expression variance on average. By comparing allele-specific read counts in parent-hybrid trios, we found thattrans-regulatory changes underlie the majority of gene expression variation in the population. Remarkably, mostcis-regulatory variations are also exaggerated or attenuated by additionaltranseffects. Overall, we showed that the transcriptome is globally buffered at the genetic level mainly due totrans-regulatory variation in the population.
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