Whole genome transcriptome polymorphisms in Arabidopsis thaliana.
Whole genome transcriptome polymorphisms in Arabidopsis thaliana.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-11-r165
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Borevitz, Justin O.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Xu;Byrnes, Jake K.;Gal, Thomas S.;Li, Wen-Hsiung;Borevitz, Justin O.
检测天然拟南芥种群中基因表达和剪接变异的全球模式的新方法。全基因组拼接阵列是分析全球遗传和表达变异的关键工具。在这项研究中，我们介绍了我们的方法来检测转录水平的变异，剪接变异和等位基因的特异性表达。我们还开发了一个广义隐马尔可夫模型来分析转录片段变异从头开始。我们的研究表明，全基因组拼接阵列是以多维和高分辨率解剖自然转录组变异的强大平台。
New methods for detecting global patterns of gene expression and splicing variation in natural Arabidopsis thaliana populations. Whole genome tiling arrays are a key tool for profiling global genetic and expression variation. In this study we present our methods for detecting transcript level variation, splicing variation and allele specific expression in Arabidopsis thaliana. We also developed a generalized hidden Markov model for profiling transcribed fragment variation de novo. Our study demonstrates that whole genome tiling arrays are a powerful platform for dissecting natural transcriptome variation at multi-dimension and high resolution.
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