Determination and inference of eukaryotic transcription factor sequence specificity.
Determination and inference of eukaryotic transcription factor sequence specificity.
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DOI：
10.1016/j.cell.2014.08.009
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发表时间：
2014-09-11
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Hughes TR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Weirauch MT;Yang A;Albu M;Cote AG;Montenegro-Montero A;Drewe P;Najafabadi HS;Lambert SA;Mann I;Cook K;Zheng H;Goity A;van Bakel H;Lozano JC;Galli M;Lewsey MG;Huang E;Mukherjee T;Chen X;Reece-Hoyes JS;Govindarajan S;Shaulsky G;Walhout AJM;Bouget FY;Ratsch G;Larrondo LF;Ecker JR;Hughes TR
转录因子（TF）DNA序列偏好指导其调节活性，但目前已知仅占所有真核TF的约1%。从多个真核生物进化枝中广泛取样DNA结合结构域（DBD）类型，我们确定了来自131种不同真核生物的包括54种不同DBD类的> 1，000个TF的DNA序列偏好。我们发现，密切相关的DBD几乎总是具有非常相似的DNA序列偏好，从而能够推断约170，000个已知或预测的真核TF中约34%的基序。在不同的真核细胞谱系中，与测量和推断的基序匹配的序列在ChIP-seq峰和转录起始位点的上游富集。在拟南芥启动子中定义表达数量性状基因座的SNP也富集预测的TF结合位点。重要的是，我们的基序“文库”（http：cisbp.ccbr.utoronto.ca）可用于鉴定其结合可被人类疾病风险等位基因改变的特异性TF。这些数据为绘制真核生物转录网络提供了强大的资源。
Transcription factor (TF) DNA sequence preferences direct their regulatory activity, but are currently known for only ~1% of all eukaryotic TFs. Broadly sampling DNA-binding domain (DBD) types from multiple eukaryotic clades, we determined DNA sequence preferences for >1,000 TFs encompassing 54 different DBD classes from 131 diverse eukaryotes. We find that closely related DBDs almost always have very similar DNA sequence preferences, enabling inference of motifs for ~34% of the ~170,000 known or predicted eukaryotic TFs. Sequences matching both measured and inferred motifs are enriched in ChIP-seq peaks and upstream of transcription start sites in diverse eukaryotic lineages. SNPs defining expression quantitative trait loci in Arabidopsis promoters are also enriched for predicted TF binding sites. Importantly, our motif “library” (http://cisbp.ccbr.utoronto.ca) can be used to identify specific TFs whose binding may be altered by human disease risk alleles. These data present a powerful resource for mapping transcriptional networks across eukaryotes.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
64.8
作者：
Gan X;Stegle O;Behr J;Steffen JG;Drewe P;Hildebrand KL;Lyngsoe R;Schultheiss SJ;Osborne EJ;Sreedharan VT;Kahles A;Bohnert R;Jean G;Derwent P;Kersey P;Belfield EJ;Harberd NP;Kemen E;Toomajian C;Kover PX;Clark RM;Rätsch G;Mott R
通讯作者：
Mott R
影响因子：
46.9
作者：
Berger, Michael F.;Philippakis, Anthony A.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
影响因子：
7
作者：
de Boer CG;van Bakel H;Tsui K;Li J;Morris QD;Nislow C;Greenblatt JF;Hughes TR
通讯作者：
Hughes TR
影响因子：
7
作者：
Gordan, Raluca;Hartemink, Alexander J.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.