IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs
IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs
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IsomiR Bank：追踪 IsomiR 的研究资源
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw070
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发表时间：
2016-07
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Shi QH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Yuanwei;Zheng Wei;Zhang Huan;Hao Qiaomei;Iqbal Furhan;Shi Qinghua;Zang Qiguang;Ban Rongjun;Xu Bo;Yang Yifan;Li A;Shi QH
未标记
下一代测序（NGS）技术揭示了microRNA（miRNAs）能够与其相应的成熟参考序列表现出频繁的差异，产生多种变体：miRNAs的同种型（isomiRs）。这些isomiR主要来源于前miRNA加工和转录后修饰过程中的不精确和交替切割，这些修饰影响了miRNA的稳定性、亚细胞定位和靶标选择。虽然已经报道了几种用于鉴定isomiR的工具，但迄今为止还没有专门用于从公共NGS数据中收集isomiR并提供这些isomiR的功能分析的生物信息学资源。因此，一个免费的在线数据库，IsomiR银行已被创建，以整合我们以前发表的算法CPSS检测到的isomiR。总共分析了来自8个物种（拟南芥、黑腹果蝇、斑马鱼、智人、小家鼠、水稻、番茄和玉米）的2727个样品（从ArrayExpress下载的小RNA NGS数据）。目前，已从4706个成熟miRNAs中收集到308919个isomiR。此外，IsomiR Bank还提供靶点预测和富集分析，以评估isomiR对靶点选择的影响。
可用性和执行
IsomiR Bank以PHP/PERL + MySQL + R格式实现，可以在www.example.com上免费访问
触点
：www.example.com或www.example.com
补充资料
补充数据可在Bioinformatics在线获得。
UNLABELLED
: Next-Generation Sequencing (NGS) technology has revealed that microRNAs (miRNAs) are capable of exhibiting frequent differences from their corresponding mature reference sequences, generating multiple variants: the isoforms of miRNAs (isomiRs). These isomiRs mainly originate via the imprecise and alternative cleavage during the pre-miRNA processing and post-transcriptional modifications that influence miRNA stability, their sub-cellular localization and target selection. Although several tools for the identification of isomiR have been reported, no bioinformatics resource dedicated to gather isomiRs from public NGS data and to provide functional analysis of these isomiRs is available to date. Thus, a free online database, IsomiR Bank has been created to integrate isomiRs detected by our previously published algorithm CPSS. In total, 2727 samples (Small RNA NGS data downloaded from ArrayExpress) from eight species (Arabidopsis thaliana, Drosophila melanogaster, Danio rerio, Homo sapiens, Mus musculus, Oryza sativa, Solanum lycopersicum and Zea mays) are analyzed. At present, 308 919 isomiRs from 4706 mature miRNAs are collected into IsomiR Bank. In addition, IsomiR Bank provides target prediction and enrichment analysis to evaluate the effects of isomiRs on target selection.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
IsomiR Bank is implemented in PHP/PERL + MySQL + R format and can be freely accessed at http://mcg.ustc.edu.cn/bsc/isomir/
CONTACTS
: aoli@ustc.edu.cn or qshi@ustc.edu.cn
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
Cho S;Jang I;Jun Y;Yoon S;Ko M;Kwon Y;Choi I;Chang H;Ryu D;Lee B;Kim VN;Kim W;Lee S
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Lee S
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作者：
Llorens F;Bañez-Coronel M;Pantano L;del Río JA;Ferrer I;Estivill X;Martí E
通讯作者：
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基于深度测序数据 isomiR 的 miRNA 基因簇和家族的全局表达分析
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3.1
作者：
Guo, Li;Lu, Zuhong
通讯作者：
Lu, Zuhong
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Dunin-Horkawicz, Stanislaw;Czerwoniec, Anna;Gajda, Michal J.;Feder, Marcin;Grosjean, Henri;Bujnicki, Janusz M.
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Bujnicki, Janusz M.
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Griffiths-Jones S;Grocock RJ;van Dongen S;Bateman A;Enright AJ
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Enright AJ